Resumen de Optimización en muestras de esputo de un protocolo de análisis proteómico para la identificación de biomarcadores protéicos
Maria del Sol Arenas de Larriva, Bernabé Jurado Gámez, Ana María Vega Rojas, E. Chicano Gálvez, I. Ortea García
OBJETIVO Optimizar un flujo de trabajo basado en proteómica cuantitativa para el estudio del proteoma de muestras de esputo para determinar si el análisis en cromatografía líquidaespectrometría de masas (LC-MS) con un fraccionamiento en fase gaseosa puede incrementar la cobertura proteica respecto al flujo de trabajo tradicional sin fraccionamiento.
METODOLOGÍA Se sometió la muestra de esputo al siguiente flujo de trabajo: (i) recolección de esputo; (ii) purificación de componente proteica; (iii) digestión con tripsina del componente proteico; (iv) análisis por LC-MS de los péptidos resultantes, con dos variantes: (a) procedimiento proteómico habitual sin fraccionamiento, y (b) fraccionamiento de los péptidos en el espectrómetro de masas (fraccionamiento en fase gaseosa). El análisis funcional de las proteínas identificadas se realizó mediante análisis de rutas (análisis pathway) y de Gene Ontology.
RESULTADOS En la muestra de esputo de 2 mL, utilizando el procedimiento de fraccionamiento en fase gaseosa se identificaron 9.096 péptidos y 684 proteínas, incrementando en un 41 % y un 44 % el número de péptidos y proteínas identificadas, respectivamente, respecto a la metodología habitual sin fraccionamiento. La digestión proteica mostró una eficacia del 92 %, asegurando la reproducibilidad de la metodología y la adecuación de su uso para estudios de proteómica cuantitativa, así como los utilizados para el descubrimiento de biomarcadores.
CONCLUSIONES La metodología optimizada identifica un número elevado de péptidos y proteínas, y permitirá su utilización para estudios proteómicos cuantitativos de abundancia o expresión diferencial en muestras de esputo para el descubrimiento de nuevos biomarcadores.
