Estandarización y validación de una prueba molecular RT-LAMP in house para el diagnóstico de SARS-CoV-2

• Autores: Oscar Escalante Maldonado, Margot Vidal Anzardo, Luis Fernando Donaires Toscano, Gilmer Solis, Italo Gallesi, Luis Pampa Espinoza, Maribel Huaringa, Nancy Rojas Serrano, Coralith García Apac, Eddie Angles Yanqui, Ronnie Gustavo Gavilán, Ricardo Durães Carvalho, Jairo Mendez Rico, César Cabezas, Paulo Marques
• Localización: Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, ISSN-e 1726-4642, ISSN 1726-4634, Vol. 38, Nº. 1, 2021, págs. 7-16
• Idioma: español
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  • Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct < 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta 1000 copias/μL del gen diana. Se evidenció robustez con la mitad de las concentraciones de cebadores y 20 μL de volumen final. Se identificó ausencia de amplificación para otros coronavirus humanos. La concordancia en laboratorio obtuvo un Kappa de 0,88 (IC 95%: 0,83–0,93) y en campo fue de 0,89 (IC 95%: 0,84−0,94); la sensibilidad en laboratorio fue de 87,4% (IC 95%: 80,8−92,4) y en campo fue de 88,1% (IC 95%: 81,6−92,9), la especificidad en ambos escenarios fue de 98,8% (IC 95%: 96,4−99,7). Conclusiones: La prueba RT-LAMP in house fue validada por presentar una adecuada robustez, sin reacciones cruzadas, buena concordancia y rendimiento diagnóstico comparado con el RT-qPCR.