Resumen de Predicting Pathogenicity of CDH1 Gene Variants in Patients with Early-onset Diffuse Gastric Cancer from Western Mexico

Azaria García Ruvalcaba, Lourdes del C. Rizo de la Torre, María Teresa Magaña Torres, Ernesto Prado-Montes de Oca, Andrea V. Ruiz Ramírez, Héctor Rangel Villalobos, José A. Aguilar Velázquez, Andrea M. García Muro, Josefina Yoaly Sánchez López

• español

  Antecedentes: el cáncer gástrico difuso de inicio temprano (EODGC) se presenta a los 50 años de edad o antes. Las mutaciones patogénicas y las deleciones de la línea germinal en el gen CDH1 (E-cadherina) son factores genéticos bien documentados asociados con las causas de EODGC.

  Objetivo: El objetivo del estudio fue estudiar las variantes de la línea germinal de CDH1 y su potencial impacto funcional en pacientes con EODGC en una población mexicana.

  Métodos: Estudiamos a siete pacientes con EODGC de un centro de investigación biomédica en el occidente de México. Las variantes se identificaron mediante secuenciación de Sanger y amplificación de sonda dependiente de ligadura múltiple. El software DeepSEA y SNPClinic v.1.0 y las bases de datos Ensembl (1000 Genomes Project, 1kGP) y ClinVar se utilizaron para predecir polimorfismos funcionales de un solo nucleótido (SNP). La mezcla genética de los pacientes mexicanos fue corroborada por el genotipado y análisis de estructura de 22 loci de repetición en tándem cortos.

  Resultados: Encontramos 12 variantes de CDH1 de la línea germinal en todos los pacientes con EODGC, y todas se consideran polimorfismos: rs34561447, rs5030625, rs16260, rs1330727101, rs28372783, rs942269593, rs3743674, rs1801552, rs65910rs2691717 La predicción de los SNP reguladores en el promotor sugiere un papel para un retrovirus en EODGC que induce la transcripción de genes relacionados con el interferón a través de la señalización del factor 3 de respuesta al interferón del receptor tipo toll, ya que tres SNP en el promotor CDH1 alteran tres sitios de unión para esto. Además, los SNP rs28372783 y rs1801026 podrían alterar la activación de linfocitos dependiente de telomerasa mediada por factores estimulantes 1 (USF1) / USF2 en EODGC. Otro resultado interesante es un cortocircuito dependiente de CTCF Isoforma CDH1 que carece del exón 14, probablemente debido a la omisión del exón mediada por rs33964119.

  Conclusiones: No se encontraron mutaciones patógenas clásicas de la línea germinal en el gen CDH1 en estos 7 pacientes con EODGC. Sin embargo, los enfoques in silico revelaron la posible participación de un retrovirus y una isoforma de cadherina E más corta en EODGC. No obstante, se necesitan más ensayos in vitro e in vivo para confirmar estas predicciones. (REV INVEST CLIN. 2021; 73 (3): XX-XX)

• English

  Background: Early-onset diffuse gastric cancer (EODGC) occurs at or before 50 years of age. Pathogenic mutations and germline deletions in the CDH1 gene (E-cadherin) are well-documented genetic factors associated with the causes of EODGC.

  Objective: The objective of the study was to study CDH1 germline variants and their potential functional impact in patients with EODGC in a Mexican population.

  Methods: We studied seven EODGC patients from a biomedical research center in western Mexico. Variants were identified by Sanger sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification. The DeepSEA and SNPClinic v.1.0 software and the Ensembl (1000 Genomes Project, 1kGP) and ClinVar databases were used to predict functional single-nucleotide polymorphisms (SNPs). The genetic admixture of the Mexican patients was corroborated by 22 short tandem repeat loci genotyping and structure analysis.

  Results: We found 12 germline CDH1 variants in all EODGC patients, and all of them are considered as polymorphisms: rs34561447, rs5030625, rs16260, rs1330727101, rs28372783, rs942269593, rs3743674, rs1801552, rs34939176, rs33964119, rs3556654, and rs1801026. The prediction of regulatory SNPs in the promoter suggests a role for a retrovirus in EODGC that induces the transcription of interferon-related genes through toll-like receptor-interferon response factor 3 signaling, as three SNPs in the CDH1 promoter alter three binding sites for this transcription factor. In addition, SNPs rs28372783 and rs1801026 could alter upstream stimulatory factors 1 (USF1)/USF2-mediated telomerase-dependent lymphocyte activation in EODGC. Other interesting result is a CTCF-dependent shorter CDH1 isoform lacking exon 14, probably due to exon-skipping mediated by rs33964119.

  Conclusions: Classical pathogenic germline mutations in the CDH1 gene were not found in these 7 EODGC patients. However, the in silico approaches revealed the possible involvement of a retrovirus and a shorter E-cadherin isoform in EODGC. Nevertheless, further in vitro and in vivo assays are needed to confirm these predictions. (REV INVEST CLIN. 2021;73(3):XX-XX)