Resumen de Complete screening of exons 2, 3, and 4 of kras and nras genes reveals a higher number of clinically relevant mutations than food and drug administration quantitative polymerase chain reaction-based commercial kits

Héctor E. Sánchez Ibarra, Luisa M. Reyes Cortes, Esteban López Tavera, Claudia M. Luna Aguirre, Hugo A. Barrera Saldaña

• español

  Antecedentes: la presencia de mutaciones clínicamente relevantes en losgenes KRAS y NRAS determina la respuesta de la terapia con anticuerpos anti-receptor del factor de crecimiento epidérmico para el cáncer colorrectal metastásico (mCRC). Las únicas pruebas de diagnóstico basadas en la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (qPCR) aprobadas por la Administración de Alimentos y Medicamentos (FDA) evalúan simplemente las mutaciones en los codones 12 y 13 de KRAS .

  Objetivo: El objetivo del estudio fue estudiar la frecuencia de mutaciones clínicamente relevantes en losgenes KRAS y NRAS que no están incluidas en las pruebas qPCR aprobadas por la FDA.

  Métodos: Se analizaron muestras tumorales incluidas en parafina fijadas con formalina de 1113 pacientes mexicanos con CCRm de diferentes instituciones de salud del país mediante secuenciación de Sanger para lasmutaciones de KRAS en los exones 2, 3 y 4. Además, se analizaron 83 en los exones 2, 3 y 4 de NRAS .

  Resultados: De las muestras analizadas para KRAS , el 33,69% albergaba una mutación. De estos, el 71,77% estaban en el codón 12 y el 27,69% en el codón 13 (ambos ubicados en el exón 2). Los codones 59 (exón 3) y 146 (exón 4) representaron el 0,54% restante. De las 83 muestras, en las quese analizó NRAS , se encontraron tres mutaciones en el codón 12 (3,61%). Aproximadamente el 6% de las muestras mutadas de RAS se habrían informado falsamente como RAS de tipo salvaje si se hubiera utilizado una prueba de diagnóstico de qPCR aprobada por la FDA.

  Conclusiones: Si bien estos kits basados en qPCR pueden ser muy prácticos y altamente sensibles, su cobertura de mutación ignora las mutaciones de poblaciones mal caracterizadas genéticamente.

• English

  Background: The presence of clinically relevant mutations in KRAS and NRAS genes determines the response of anti-epidermal growth factor receptor antibody therapy for metastatic colorectal cancer (mCRC). The only quantitative polymerase chain reaction (qPCR)-based diagnostic tests approved by the Food and Drug Administration (FDA) screen merely for mutations in codons 12 and 13 of KRAS.

  Objective: The objective of the study was to study the frequency of clinically relevant mutations in KRAS and NRAS genes that are not included in FDA-approved qPCR tests.

  Methods: Formalin-fixed paraffin-embedded tumor specimens from 1113 mCRC Mexican patients from different health institutions across the country were analyzed by Sanger sequencing for KRAS mutations in exons 2, 3, and 4. Furthermore, 83 were analyzed in exons 2, 3, and 4 of NRAS.

  Results: From the specimens tested for KRAS, 33.69% harbored a mutation. From these, 71.77% were in codon 12 and 27.69% in codon 13 (both located in exon 2). Codons 59 (exon 3) and 146 (exon 4) accounted for the remaining 0.54%. From the 83 specimens, in which NRAS was analyzed, three mutations were found in codon 12 (3.61%). Approximately 6% of RAS mutated specimens would have been falsely reported as RAS wild type if an FDA-approved qPCR diagnostic test had been used.

  Conclusions: While these kits based on qPCR can be very practical and highly sensitive, their mutation coverage ignores mutations from poorly genetically characterized populations.