Die Qualität der Gewässer wird maßgeblich geprägt durch die Einträge von Nährstoffen und Schadstoffen aus Punkt- und diffusen Quellen. Diffuse Einträge bilden insbesondere bei Stickstoff (über das Grundwasser) und bei Phosphor (mit erodiertem Bodenmaterial) die wichtigste Belastungsquelle für die Oberflächengewässer, wobei die Landwirtschaft sowohl in Bezug auf die Emissionmengen als auch flächenmäßig die bedeutendste Eintragsquelle darstellt. Nährstoffbilanzen sind ein wichtiges Instrument, um die regionale Verteilung und die zeitliche Veränderung des Belastungspotentials zu erkennen. Pflanzenschutzmittel aus landwirtschaftlichen Anwendungen gelangen mit den Hofabläufen von Landwirtschaftsbetrieben in nicht unerheblichem Umfang in die Gewässer. Einträge von Schwermetallen sind zum größten Teil auch auf diffuse Quellen zurückzuführen, sind jedoch in den meisten Fällen nicht als problematisch anzusehen. Maßnahmen zu Verminderung der Gewässerbelastungen aus der Landnutzung sind in den meisten Fällen hinlänglich bekannt, sie werden jedoch nicht zuletzt aus wirtschaftlichen Gründen von den Betrieben häufig nicht umgesetzt.
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