El presente estudio fue de tipo experimental y corte longitudinal tuvo como objetivo: Determinar el efecto de la aplicación de los barnices fluorados y factores de riesgo asociados a la caries de infancia temprana no cavitada en niños menores de 3 años de edad. La muestra estuvo constituida por 52 niños menores de 3 años de edad distribuidos equitativamente en 3 grupos: grupo FNa 6% (G1), grupo difluorsilano 1% (G2) y grupo control (GC), seleccionados de manera probabilística. Materiales y métodos: en la recolección de datos se evaluó: prevalencia de Caries de Infancia Temprana (CIT) no cavitada según el sistema internacional de valoración y detección de la caries y factores de riesgo asociados a CIT, tales como, nivel de conocimiento en salud bucal del niño de las madres, índice de placa blanda de Löe y Silness, la frecuencia diaria de consumo de azucares extrínsecos y niveles de pH salival en los niños, para el análisis de los datos obtenidos se empleó el analista estadístico SPSS versión 20 y la comprobación de la hipótesis se realizó mediante la prueba de ANOVA de un factor comparación intersujetos, prueba T de Student para comparación intrasujetos y Chi-Cuadrado para medir asociación. Resultados: casi la mitad de las lesiones cariosas encontradas en los niños evaluados correspondían a CIT no cavitada, más de la mitad de las madres de los niños evaluados presentaron un nivel de conocimiento malo, la mitad de los niños menores evaluados tenían un índice de higiene oral alto y un consumo de azucares extrínsecos alto. Con un IC 95% y un p valor = 0.000000004, se concluye que existe efecto remineralizador de los barnices fluorados en la caries de infancia temprana no cavitada, identificando como factores de riesgo asociados a la CIT; el bajo conocimiento en salud bucal de las madres y el alto consumo de azucares extrínsecos por los niños.
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