Resumen de ARNr 16S como herramienta aplicada en la caracterización molecular de géneros y especies de bacterias

Liliana Yanet Suárez Contreras, Luz Francy Yañez Meneses

• español

  La identificación bacteriana se realiza por medio de métodos convencionales basados en las características fenotípicas, puesto que su realización y costos son de más fácil acceso, sin embargo, la identificación molecular permite conocer la verdadera identidad del género y la especie. Se realizó la identificación molecular de 24 cepas de bacterias conservadas en el Banco de Cepas de la Universidad Francisco de Paula Santander, Centro Experimental Campos Eliseos, identificadas bajo criterios fenotípicos macroscópicos y microscópicos. Inicialmente se reactivaron las cepas conservadas en solución salina y se caracterizaron macro y microscópicamente, luego se realizó extracción de ADN y se procedió hacer PCR para amplificar la región ARNr 16S permitiendo tener acceso a la secuencia de ADN de interés; las muestras se enviaron a secuenciar y por medio de herramientas bioinformáticas se conoció la identidad de cada bacteria. Las cepas: BLB003, BLB009, BLB011, BLB012, BLB014, BLB016, BLB018, BLB022, BLB023, BLB024, BLB033, se identificaron como Bacillus cereus; BLB010 como Bacillus thurigiensis; mientras que BLB030, BLB031, BLB032,  como Bacillus pumilus; BLB020 como Bacillus amyloliquefaciens; BLB001, BLB004, BLB007, y BLB037, conformaron el grupo de Bacillus subtilis; y es posible que existan ramificaciones divergentes entre especies de Bacillus en arboles filogeneticos. Otra agrupación que se observó en el arbol filogenetico son las cepas BLB019 y BLB029 que corresponden a  Achromobacter xylosoxidans y Alcaligenes faecalis respectivamente. También otro grupo BLB013 y BLB017,  fueron identificadas como Stenotrophomonas maltophilia. Es importante tener en cuenta que en ocasiones el ARNr 16S presenta una baja capacidad de discriminación para algunos géneros y especies debido a recientes divergencias, es necesario complementar la identificación con el estudio de otros genes.

   

• English

  Bacterial identification is carried out by conventional methods based on phenotypic characteristics, since their implementation and costs are more easily accessible. However, molecular identification allows us to know the true identity of the genus and species. The molecular identification of 24 bacterial strains preserved in the Strain Bank of the University Francisco de Paula Santander, Campos Eliseos Experimental Center, identified under macroscopic and microscopic phenotypic criteria, was carried out. Initially, the strains preserved in saline solution were reactivated and characterized macro- and microscopically, then DNA extraction was performed and PCR was done to amplify the 16S rRNA region allowing access to the DNA sequence of interest; the samples were sent to be sequenced and through bioinformatic tools the identity of each bacterium was known. The strains: BLB003, BLB009, BLB011, BLB012, BLB014, BLB016, BLB018, BLB022, BLB023, BLB024, BLB033, were identified as Bacillus cereus; BLB010 as Bacillus thurigiensis; while BLB030, BLB031, BLB032, as Bacillus pumilus; BLB020 as Bacillus amyloliquefaciens; BLB001, BLB004, BLB007, and BLB037, formed the group of Bacillus subtilis; and it is possible that there are divergent ramifications between species of Bacillus in phylogenetic trees. Another grouping that was observed in the phylogenetic tree are the strains BLB019 and BLB029 that correspond to Achromobacter xylosoxidans and Alcaligenes faecalis respectively. Also another group BLB013 and BLB017, were identified as Stenotrophomonas maltophilia. It is important to take into account that sometimes 16S rRNA presents a low discrimination capacity for some genera and species due to recent divergences, it is necessary to complement the identification with the study of other genes.