Study of dynamic reaction of tubulins in microtubules. A qm/mm simulation

• Naghsh, Farnoush ^[1] ; Monajjemi, Majid ^[1] ; Zare, Karim ^[1]
  1. [1] Islamic Azad University

     Islamic Azad University

     Irán

     
• Localización: Nexo Revista Científica, ISSN-e 1995-9516, Vol. 33, Nº. 1, 2020, págs. 22-35
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Estudio de la reacción dinámica de tubilina en microtubulos. Una simulación qm/am
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• Resumen
  • español

    En este modelo, los microtúbulos unidimensionales se fijan en uno de los dos y se simulan mientras se permite que el extremo opuesto crezca en una situación aleatoria. En este estudio, en cada paso, se ha agregado una tubulina a la longitud para aumentar la longitud de los microtúbulos. Computacionalmente, esto se puede hacer generando un número aleatorio uniforme entre (0, 1). Los microtúbulos se demuestran como macromoléculas rectas que consisten en cadenas lineales de subunidades de tubulina en la longitud. La simulación QM / MM se ha aplicado para estudiar la inestabilidad dinámica de la longitud de los microtúbulos. Se ha calculado una dimensión correcta de alrededor de 10-6 metros de longitud de microtúbulos consiste en alrededor de 1650 dímeros de tubulina. La tasa de crecimiento de los microtúbulos está relacionada con la concentración de dímero de tubulina soluble y para todos los resultados mostrados aquí, la simulación de cualquier condición individual se realizó de 5 a 10 veces.

  • English

    In this model one-dimensional microtubule is fixed at one of the two and simulated while the opposite end is allowed for growing in random situation. By this study at each step one tubulin has been added to the length for growing microtubule length. Computationally this can be done through generating a uniform random number between (0, 1). Microtubules are demonstrated as straight macromolecules consist of the linear chains of tubulin subunits in the length. QM/MM simulation has been applied to study dynamic instability of the microtubule length. It has been calculated a correct dimension around 10-6 meter of microtubules length consist of around 1650 tubulin dimers.  Microtubule growth rate is related to the soluble tubulin dimer concentration and for all results shown here, simulation of any single condition was run 5–10 times.