Diversidad genética y estructura poblacional del cerdo negro lampiño de Yucatán usando chip SNP50

• Clemente Lemus-Flores ^[1] ; Rogelio Alonso-Morales ^[1] ; Hugo Toledo-Alvarado ^[1] ; Raúl Sansor-Nah ; William Burgos-Paz ; Dany Dzib-Cauich ^[2]
  1. [1] Universidad Nacional Autónoma de México

     Universidad Nacional Autónoma de México

     México

     
  2. [2] Universidad Autónoma de Nayarit

     Universidad Autónoma de Nayarit

     México

     
• Localización: Abanico veterinario, ISSN-e 2007-428X, ISSN 2448-6132, Vol. 10, Nº. 1 (Enero - Diciembre), 2020
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Genetic diversity and population structure of Yucatan black hairless pig using SNP50K chip
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• Resumen
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    La estructura poblacional y diversidad genética de 104 cerdos negros lampiños de Yucatán (NLY) y ocho de raza Duroc fueron caracterizados usando un chip SNP50K. Se obtuvo la estructura poblacional, se calculó un análisis de componentes principales (ACP), menor alelo frecuencia (MAF), Heterocigosidad observada (Ho), Consanguinidad (F), Índice de Fijación de individuos en subpoblaciones (Fis), índice de alogamia (t) y análisis de asociación para identificar SNP diferentes entre poblaciones. Según el análisis Admixture la población NLY se estructura en tres subpoblaciones. El componente genético de Duroc en subpoblaciones NLY es bajo de 0.0036 a 0.0353, apreciándose una subpoblación con mayor diversidad genética, con valores más bajos de F, Fis y mayor Ho y t. Se identificaron SNP (p<1.21E-50 a p< 6.4E-20), asociados con genes y procesos biológicos. Genes EHF, DST, PDE8A, FOXA1 y VCL relacionados con la diferenciación de células epiteliales, la morfogénesis y desarrollo del epitelio. Otros 30 SNPs relacionados con el metabolismo de nutrientes, 23 SNPs en transporte de nutrientes, 11 SNPs a inmunidad, 10 SNPs a músculo, esqueleto y embrionario, y siete SNPs a sinapsis y receptores. NLY está distante de Duroc con diferente estructura poblacional y diversidad genética, con diferentes genes que implican procesos biológicos importantes

  • English

    In the present study, the Population structure and genetic diversity of 104 Yucatan black hairless pigs (YBH) and eight Duroc breeds were characterized BY using an SNP50K chip. The population structure was obtained, as well as the calculation of Principal Component Analysis (PCA), Minor Allele Frequency (MAF), heterozygosity observed (oH), Relationship (F), Fixation index of individuals within subpopulations (Fis), the t (outcrossing rate or alogamia index) was made, also the association analysis to identify SNP with population differences. The genetic component of Duroc in YBH subpopulations is low, from 0.00363 to 0.03532, THUS, IT WAS OBSERVED (appreciating) a subpopulation with greater genetic diversity and lower values of F and Fis, as well as higher oH and t. SNPs were identified (p<1.213E-50 to p< 6.4E-20), associated with genes and biological processes. Genes EHF, DST, PDE8A, FOXA1 y VCL are related to epithelial cell differentiation, morphogenesis, and development of epithelium. 30 SNPs are related to nutrient metabolism, 23 SNPs to nutrient transport, 11 SNPs to Immunity, 10 SNPs to muscle, skeletal and embryonic, and 7 SNPs to synapses and receptors. YBH is distant from Duroc with different population structure and genetic diversity, also with different genes that involve important biological processes