La filogenia Primate: Un protocolo de prácticas.

• Autores: José angel Peña García, Neskuts Izagirre Arribalzaga, Esther Rebato Ochoa
• Localización: Antropo, ISSN-e 1578-2603, Vol. 42, 2019, págs. 55-61
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Primate Phylogeny: A Practice Protocol.
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• Resumen
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    Objetivo: Se propone la impartición de una clase práctica de análisis de datos genómicos, en la que se revisa la filogenia del orden de los primates.

    Materiales y métodos: A partir de las secuencias de 54 genes correspondientes a 186 especies de primates se realizan una serie de análisis filogenéticos mediante diferentes algoritmos. En primer lugar, se comparan los resultados obtenidos mediante cinco métodos (Máxima Verosimilitud, Unión de Vecinos, Evolución Mínima, UPGMA y Máxima Parsimonia) para el conjunto del orden Primate. Después, se profundiza en el análisis por separado de Strepsirrhini y Haplorrhini (Platyrrhini y Catarrhini). Con el fin de facilitar la identificación visual de los diferentes géneros de primates, se ha desarrollado un programa (GEH), que muestra imágenes tanto de cada especimen como de su distribución geográfica.

    Actividades: En el informe final de la actividad se valorarán los algoritmos filogenéticos, seleccionándose el método que ofrezca el árbol más verosímil a partir de los conocimientos adquiridos previamente sobre los diferentes grupos de primates. Se valorará asimismo la robustez de las diferentes ramas a la luz de los valores bootstrap obtenidos. En los análisis de Strepsirrhini, Platyrrhini y Catarrhini, se interpretarán las agrupaciones de géneros en los respectivos árboles. Finalmente, se discutirán las características morfológicas diferenciales más llamativas y la distribución geográfica de cada grupo.

  • English

    Objective: A practical class on genomic data analysis is proposed, in which phylogeny of the order of primates is reviewed.

    Materials and methods: From the sequences of 54 genes corresponding to 186 primate species, a series of phylogenetic analyses are carried out using different algorithms. First, the results obtained by five methods (Maximum Likelihood, Neighbor Joining, Minimum Evolution, UPGMA and Maximum Parsimony) are compared for the whole order Primate. Then, the analysis of Strepsirrhini and Haplorrhini (Platyrrhini and Catarrhini) is deepened separately. In order to facilitate the visual identification of the different primate genera, a program (GEH) has been developed, which shows images of both each specimen and its geographical distribution.

    Activities: In the final report of the activity, the phylogenetic algorithms will be evaluated, selecting the method that offers the most credible tree from the knowledge previously acquired about the different groups of primates. The robustness of the different branches will also be assessed in the light of the bootstrap values obtained. In the Strepsirrhini, Platyrrhini and Catarrhini analyses, the genus groupings in the respective trees will be interpreted. Finally, the most striking differential morphological characteristics and geographical distribution of each group will be discussed.