Genomic and transcriptomic approaches toward plant selection

• Autores: Seyed Mehdi Jazayeri, Ronald Oswaldo Villamar Torres
• Localización: Journal of Science and Research: Revista Ciencia e Investigación, ISSN 2528-8083, Vol. 2, Nº. 8, 2017, págs. 54-64
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Enfoques genómicos y transcriptómicos hacia la selección de plantas
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• Resumen
  • español

    La era Omica ha abierto una nueva ventana a la biología. La genómica y la transcriptómica son dos campos conocidos,con los cuales, la selección y el mejoramiento de plantas se cumplen con mayor facilidad y precisión. Proporcionan información ́util sobre los genes, las transcripciones, sus funciones y sirven como datos primordiales para otros enfoques posteriores. Los genomas de referencia de varias plantas han sido secuenciados, y están disponibles, facilitando así el acceso a información ómica indispensable para llevar a cabo estudios basados en estos mismos genomas. El total de datos genómicos, transcriptómicos y los hallazgos de métodos variantes que van desde QTL (rasgo cuantitativo), PSN (polimorfismo de un solo nucleótido), NCV (n úmero de copiasvariante), GBS (genoma por secuencia) son extremadamente importantes para la selección y el mejoramiento de plantas en términos de precio y tiempo. Los nuevos flujos de trabajo utilizan diferentes enfoques basados en la información genómica / transcriptómica en pasos posteriores mezclándolos y se validan durante todo el proceso para seleccionar genotipos que posean un rasgo deseado agronómicamente importante. SNP-Seq, que se presenta en este artículo, es un nuevo enfoque para analizar las plantas hacia la selección y la detección mediante secuenciación de SNP en varios genotipos simultáneamente. Este proceso puede acelerar el ciclo de selección de plantas desde los genotipos a los fenotipos en una forma de ingeniería inversa.

  • English

    Omics era has opened a new window to biology. Genomics and transcriptomics are two well-known fields by whichplant selection and breeding are fulfilled more easily and accurately. They provide useful information about genes, transcripts, theirfunctions those are the principal data for other subsequent approaches. Reference genomes of various plants are available and facilitategenome-based studies. The complex of genomic, transcriptomic data and the findings from variant methods like QTLs (quantitativetrait loci), SNPs (single nucleotide polymorphism), CNVs (copy number variant), resequencing, GBS (genome-by-sequencing) areextremely important for plant selection in terms of price and time. The new workflows are routinely using different approachesand mixing them based on the genomic/transcriptomic information in their subsequent steps. They, however, are validated duringthe whole process toward screening genotypes possessing agronomically important desired trait. SNP-Seq presented hereinafter is anew approach for analyzing plants toward selection and screening by SNP sequencing in various genotypes simultaneously. It canaccelerate the cycle of plant selection from genotypes to phenotypes in a reverse engineering way.