Molecular genetic diversity assessment of Citrus species grown in Iran revealed by SSR, ISSR and CAPS molecular markers

• Autores: Ata Allah Sharafi, Ali Sharafi, Asad Asadi Abkenar
• Localización: Journal of Science and Research: Revista Ciencia e Investigación, ISSN 2528-8083, Vol. 2, Nº. 8, 2017, págs. 22-27
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Evaluación de diversidad genética molecular de especies de cítricos cultivadas en Irán reveladas por marcadores moleculares SSR, ISSR y CAPS
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• Resumen
  • español

    En este estudio, se analizó la diversidad genética en 19 cultivares de cítricos utilizando Simple Sequence Repeat (SSR),Inter-simple Sequence Repeat (ISSR) y marcadores de secuencias polimórficas amplificadas (CAPS). Se usaron nueve cebadores para SSR, nueve cebadores ISSR y dos cebadores para CAPS para la puntuación de alelos. Se analizaron una región de ADN decloroplastos (rbcL-ORF106) y una región de ADN mitocondrial (18S-5S) usando un marcador de secuencia polimórfica amplificada escindida (CAPS) en 19 accesiones de cítricos cultivadas en Irán. En total, se detectaron 45 alelos polimórficos SSR y 131 ISSR y genoma de los ́arboles. El análisis de conglomerados de los datos de SSR e ISSR se realizó utilizando el método UPGMA y se basó en el coeficiente de Jaccard. El resultado de esta investigación mostró que los cebadores SSR e ISSR fueron altamente informativos y eficientes para detectar la variabilidad genética y las relaciones de las accesiones de cítricos. Los resultados del análisis del marcador CAPS mostraron que Bakraee y uno de Lima tipo off tenían un patrón de bandas similar al Clementine Mandarin, mientras que Pummelo considerado como el padre materno de otros genotipos estudiados Citron considerado padre padre mostró un patrón de bandas definido entre 19 genotipos estudiados que confirmaron herencia citoplásmica de organelos celulares de la madre

  • English

    In this study, genetic diversity in 19 citrus cultivars was analyzed using Simple Sequence Repeat (SSR), Inter-simpleSequence Repeat (ISSR) and cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) markers. Nine primers for SSR, nine ISSR primersand two primers for CAPS were used for allele scoring. One chloroplast DNA region (rbcL-ORF106) and one mitochondrial DNAregion (18S-5S) were analyzed using cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker in 19 citrus accessions grown in Iran.In total, 45 SSR and 131 ISSR polymorphic alleles and tree organelle genome types were detected. Cluster analysis of SSR and ISSRdata was performed using UPGMA method and based on Jaccard’s coefficient. The result of this investigation showed that the SSRand ISSR primers were highly informative and efficient in detecting genetic variability and relationships of the citrus accessions.CAPS marker analysis results showed that Bakraee and one of off type Mexican lime had banding pattern similar to ClementineMandarin, while Pummelo regarded as maternal parent of other studied genotypes Citron regarded as father parent showed definitebanding pattern among 19 studied genotypes which it confirmed Cytoplasmic inheritance from mother cellular organelles