Identificación in silico de moléculas potencialmente inhibidoras de CDK5, proteína relacionada con la enfermedad de Alzheimer

• Pajaro Castro, Nerlis Paola ^[1] ; Bustamante Díaz, Jesus ^[1] ; Ibañez Bersinger, Cristhian ^[1]
  1. [1] Universidad de Sucre

     Universidad de Sucre

     Colombia

     
• Localización: Revista Habanera de Ciencias Médicas, ISSN-e 1729-519X, Vol. 16, Nº. 3, 2017, págs. 325-336
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Identification in silico of potentially inhibitive molecules of CDK5, protein related with the Alzheimer´s disease
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    Introducción: La enfermedad de Alzheimer exhibe un compromiso neurodegenerativo e irreversible. Hoy, numerosas investigaciones promueven la inhibición de  algunas quinasas para su tratamiento, de especial mención la CDK5. Objetivo: Identificación de nuevas moléculas con posibilidad de interactuar con la proteína quinasa dependiente de ciclina 5, CDK5, inhibiendo su función. Material y Métodos: Se realizó un estudio in silico, para lo cual se extrajeron 911 moléculas de pubchem, y mediante AutoDock Vina se hicieron acoplamientos moleculares con la proteína CDK5 extraída de Protein Data Bank y con un inhibidor conocido para la proteína. Además se realizó un acoplamiento inverso para la identificación de otros posibles blancos moleculares con los mejores ligandos seleccionados. Resultados: Con los resultados obtenidos fueron identificadas cinco moléculas con valores de afinidad entre -11,6 hasta -17,7 Kcal/mol que se unen en el sitio activo de la proteína, de igual forma que lo hace el inhibidor conocido de la misma, e interactúan con los residuos cisteína 83 y glutamina 81. Conclusiones: Las moléculas identificadas pueden interactuar con  la CDK5 a nivel de su sitio activo, por lo que podrían actuar como inhibidores de esta quinasa. Esto abre una futura ventana terapéutica en el tratamiento de la enfermedad de Alzheimer.Palabras claves: Acoplamiento molecular, sitio activo, Alzheimer, CDK5, in silico. 

  • English

    Introduction: The illness of Alzheimer exhibits a neurodegenerative and irreversible commitment. Today, numerous investigations promote the inhibition of some kinases to the treatment, of special mention the CDK5. Objective: Identification of new molecules witch are able to interact with the cicline dependent kinase protein 5, CDK5, inhibiting their function. Material and Methods: it was carried out a study in silico, for that 911 pubchem molecules were extracted, and by means of AutoDock Vina molecular joining were made with the protein CDK5 extracted from the Protein Data Bank and with a well-known inhibitor for the protein. It was also carried out an inverse joining for the identification of other possible molecular targets with the best selected ligands. Results: With the obtained results five molecules were identified with values of likeness among -11,6 until -17,7 Kcal/mol that joins in the active site of the protein, in the same form that makes it the well-known inhibitor of the CDK5, and interact with the residuals cysteine 83 and glutamine 81. Conclusions: The identified molecules can interact with the CDK5 at level of their active place, for what you/they could act as inhibitors of this quinasa. This opens a future therapeutic window in the treatment of the illness of Alzheimer.  Keywords: Molecular joining, active site, Alzheimer, CDK5, in silico.