Né le 4 décembre 1926 à Neuchâtel, bachelier es lettres du Gymnase du Haut, il suit des études de zoologie à l'Université de Neuchâtel où il fut assistant à l'Institut de zoologie et, de 1950 à 1952, conservateur du Musée zoologique de cette ville. En 1952, il obtint, avec sa thèse sur les chauves-souris du Cameroun, son titre de docteur es sciences. En 1953, il fut nommé conservateur du Muséum de la Chaux-de-Fonds. Mais il quitta rapidement les Montagnes pour occuper le poste de conservateur du Département des Vertébrés au Muséum d'histoire naturelle de Genève, à partir du 1» janvier 1954. Il en devint sous-directeur en 1965 et directeur quatre ans plus tard, succédant ainsi à Emile Dottrens. C'est lui, avec René Descombes, qui devait participer à l'élaboration du concept du nouveau Muséum, planifier et préparer le déménagement des collections des Bastions à Malagnou et, surtout, préparer l'avenir de ce bâtiment neuf en attente des visiteurs. De 1971 à 1976 il fut vice-président de la Société Helvétique des Sciences naturelles (l'actuelle Académie suisse des sciences naturelles). Villy Aellen créa, au Muséum, le Centre suisse de baguage des chauves-souris, il fut le président-fondateur du Centre suisse pour l'étude et la protection des chauves-souris, dont le siège du Centre ouest se trouve au Muséum d'histoire naturelle.
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