Analysis of genetic diversity in foxtail millet ("Setaria italica") using issr markers

• Li Zhang ^[1] ; Pan Liu ^[1] ; Aiying Zhang ^[2] ; Gewen Zheng ^[3] ; Guofang Xing ^[1] ; Juqing Jia ^[1]
  1. [1] Shanxi Agricultural University

     Shanxi Agricultural University

     China

     
  2. [2] Shanxi Academy of Agricultural Sciences

     Shanxi Academy of Agricultural Sciences

     China

     
  3. [3] China Seed Management Station, Agriculture Department of Shanxi Province, Taiyuan

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• Localización: Agrociencia, ISSN 2521-9766, ISSN-e 1405-3195, Vol. 53, Nº. 2, 2019, págs. 133-144
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Análisis de la diversidad genética de la setaria cola de zorra ("Setaria italica") usando marcadores de issr
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• Resumen
  • español

    La setaria (o mijo) cola de zorra ( Setaria italica ), originario de China, es un importante cultivo con una alta diversidad genética. En los años recientes se desarrollaron varios cultivares, pero los recursos de los cultivares parentales todavía son limitados. Los marcadores de repetición de secuencia inter- simple (ISSR) se pueden usar con un alto grado de automatización y son herramientas provechosas para el análisis de la diversidad genética. El objetivo de este estudio fue analizar la diversidad genética en 30 cultivares de setaria cola de zorra usando la técnica de ISSR fluorescente. Ocho marcadores ISSR se usaron para analizar la diversidad genética en 13 cultivares en Shanxi (SX), 7 en Hebei (HE), 4 en Mongolia Interior (IM), 2 en Shaanxi (SN), 2 en Henan (HA) y 2 en Liaoning (LN), respectivamente. Se obtuvieron 122 bandas, de las cuales 105 (84.5 %) eran bandas de polimorfismo. El número promedio de contenidos de información polimórfica (PIC), el índice de marcadores (MI) y el poder de resolución (RP) de ocho iniciadores ISSR en este estudio fueron 0.9, 12.04 y 5.54, respectivamente. La distancia genética de Nei varió de 0.56 a 0.93. El análisis de conglomerados clasificó los 30 cultivares en tres grupos. Los cultivares de la provincia SX se podrían colocar juntos en el Grupo II, pero SN, HE e IM se colocaron en el Grupo I. El Grupo III contenía germoplasmas de diferentes regiones (SX, HE, HA e IM). Por lo tanto, nuestros resultados indican una alta diversidad genética entre 30 cultivares chinos de setaria cola de zorra, lo que podría contribuir a futuros programas de reproducción e investigación genómica funcional.

  • English

    Foxtail millet ( Setaria italica ), which originated in China, is an important crop with high genetic diversity. In recent years, several cultivars were developed, but parental cultivars resources are still limited. Inter-simple sequence repeat (ISSR) markers can be used with a high degree of automation and are advantageous tools for genetic diversity analysis.

    The objective of this study was to analyze genetic diversity in 30 cultivars of foxtail millet using the fluorescent ISSR technique. Eight ISSR markers were used to analyze the genetic diversity in 13 cultivars in Shanxi (SX), 7 in Hebei (HE), 4 in Inner Mongolia (IM), 2 in Shaanxi (SN), 2 in Henan (HA) and 2 in Liaoning (LN), respectively. A total of 122 bands, of which 105(84.5 %) were polymorphism bands, were obtained. The average number of polymorphic information content (PIC), marker index (MI) and resolving power (RP) of eight ISSR primers in this study was 0.9, 12.04 and 5.54, respectively. Nei’s genetic distance varied from 0.56 to 0.93. Cluster analysis classified the 30 cultivars into three groups. The cultivars from SX province could be placed together in Group II, but SN, HE and IM were placed in Group I. Group III contained germplasms from different regions (SX, HE, HA and IM), In conclusion, our results indicate high genetic diversity among 30 Chinese foxtail millet cultivars, which could contribute to future breeding programs and functional genomic research.