Rapid diagnostic PCR method for identification of the genera Sarcocornia and Salicornia

• Autores: Roberto C. Contreras Marín, Bernardo Sepúlveda, Fernando Aguayo, Vincenzo Porcile
• Localización: Idesia, ISSN-e 0718-3429, ISSN 0073-4675, Vol. 36, Nº. 3, 2018, págs. 95-106
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Método de PCR de diagnóstico rápido para identificación de los géneros Sarcocornia y Salicornia
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• Resumen
  • español

    RESUMEN Las plantas que pertenecen a diferentes géneros, a veces, pueden presentar fuertes similitudes morfológicas y pueden no ser identificadas fenotípicamente por no especialistas. El objetivo de este trabajo fue desarrollar una PCR diagnóstico para la identificación de plantas de los géneros Sarcocornia y Salicornia y probar este nuevo procedimiento para identificar 82 muestras de Sarcocornia neii distribuidas en la costa y valles de la región de Atacama. Se diseñó seis parejas de cebadores a partir de secuencias ETS de los géneros Sarcocornia y Salicornia, y se evaluó la identificación de cada género. Los cebadores contienen un desajuste en el nucleótido 3’ que corresponde al sitio del SNP. Se seleccionaron cuatro pares de cebadores (SALI2F-2R, SALI3F-4R, SARCO1F-1R y SARCO3F-3R) para desarrollar una PCR de diagnóstico eficiente y simple para la identificación de los géneros Sarcocornia y Salicornia. El resultado muestra que con este método se puede identificar los géneros Sarcocornia y Salicornia. Adicionalmente, este método puede ser útil como propuesta para la trazabilidad genética de productos conservados (espárragos de mar). Este trabajo proporciona una aplicación eficiente, utilizando sólo ADN, PCR y electroforesis.

  • English

    ABSTRACT Plants that belong to different genera sometimes may present close morphological similarity and cannot be distinguished phe notypically by non-specialists. The aim of this study was to develop a simple diagnostic PCR for the identification of plants of Sarcocornia and Salicornia and to test this new procedure to identify 82 samples of Sarcocornia neii from coastal and valleys of the Atacama region of Chile. Six primer pairs were designed from ETS sequences of the genera Sarcocornia and Salicornia and evaluated for the identification of both genera. Primers with a mismatch in the 3’ nucleotide indicate the site of the SNP. Four primer pairs (SALI2F-2R, SALI3F-4R, SARCO1F-1R and SARCO3F-3R) were selected to develop an efficient and simple diagnostic PCR for the identification of Sarcocornia and Salicornia. The results show that with this method is possible to identify Sarcocornia and Salicornia. This method may be useful as an approach for genetic traceability of conserved products (sea asparagus). This work provides an applicable and efficient method using only DNA, PCR and electrophoresis.