Identificación de islas CpG en el genoma humano a través de las cadenas de Markov: Un modelo matemático basado en probabilidades.

• Autores: Evelyn Quispe, María Eugenia Sánchez, Gabriela Oleas, César Paz y Miño
• Localización: Revista Ecuatoriana de Medicina y Ciencias Biológicas: REMCB, ISSN-e 2477-9148, ISSN 2477-9113, Vol. 27, Nº. 1-2, 2005, págs. 43-46
• Idioma: español
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    Los genes de importancia biológica conocidos como genes esenciales de mantenimiento o housekeeping genes suelen encontrarse rodeados por regiones denominadas Islas CpG, llamadas así debido a que contienen una cantidad mucho mayor de dinueleótidos CpG que el resto del genoma y, ya que del reconocimiento de tales islas se puede inferir la ubicación de los housekeeping genes, un modelo matemático de identificación de Islas CpG facilitaría su diferenciación del resto del genoma. El modelo matemático que se presenta en este artículo toma como ejemplo a una secuencia de 60 nucleótidos presente en el genoma del parvovirus canino y se basa en las cadenas de Markov para calcular la probabilidad de que un fragmento de dicha secuencia, en relación al resto de ella, corresponda o no a una Isla CpG. Este modelo puede ser utilizado en cualquier secuencia, independientemente de su número de nucleótidos sin embargo, la del parvovirus, escogida en este caso como una pequeña muestra de ejemplificación. sirvió para comparar y confirmar por simple inspección los resultados

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    The biologically important genes known as essential genes or housekeeping genes are usually found surrounded by regions called "CpG Isles" . The CpG isles are named so because they contain a much larger quantity of dionucleotides CpG than the rest of the genome. Since during the recognition of such isles the location of the housekeeping genes can be inferred, a mathematical model of identification of CpG isles will make it easier to tell it apart from the rest of the genome. The mathematical model that is presented in this article uses as an example a sequence of 60 nuc1eotides present in the genome of the canine parovirus and is based on the Markov chains to calculate the probability that a fragment of this sequence. in relationship to the rest of it, corresponds or not to a CpG isle. This model can be used in any sequence, independently from its number of nucleotides. However the parovirus sequence, chosen in this case as a small sample. served to compare and confirm the results by simple inspection