Accuracy of genomic values predicted using deregressed predicted breeding values as response variables

• Fernanda Ramírez-Flores ^[1] ; Rufino López-Ordaz ^[1] ; Joel Domínguez-Viveros ^[2] ; José Guadalupe García-Muñiz ^[1] ; Agustín Ruíz-Flores ^[1]
  1. [1] Universidad Autónoma Chapingo

     Universidad Autónoma Chapingo

     México

     
  2. [2] Universidad Autónoma de Chihuahua

     Universidad Autónoma de Chihuahua

     México

     
• Localización: Revista Mexicana de Ciencias Pecuarias, ISSN 2007-1124, ISSN-e 2448-6698, Vol. 8, Nº. 4, 2017, págs. 445-451
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Exactitud de valores genómicos predichos utilizando como variable de respuesta valores genéticos predichos ajustados
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• Resumen
  • español

    Los valores genéticos de individuos en una población deben obtenerse de forma precisa y a edad temprana para promover un progreso genético rápido. Los objetivos de este estudio fueron comparar las exactitudes (R2) de valores genómicos predichos (GBV) y estimar la correlación genética entre los valores genéticos verdaderos (TGV) y los GBV, utilizando los valores genéticos estimados (EBV) y EBV ajustados (DEBV) como variables respuesta. Una primera población de 100 generaciones con tamaño efectivo 800 se simuló con el programa QMSim para generar desequilibrio de ligamiento. Posteriormente, se utilizaron 20 machos y 200 hembras por generación en una segunda población de 14 generaciones, con 6,400 individuos por generación y sus correspondientes fenotipos y genotipos en términos de SNP. Las generaciones 7 a 14 de la segunda población se usaron como subpoblaciones de entrenamiento (PT) y evaluación (PE). Los GBV, sus exactitudes y correlaciones genéticas se obtuvieron utilizando los programas GenSel y ASREML. Cuando la PT fue la más grande, R2 media fue la más alta, 0.77 ± 0.01. Cuanto más cercana es PT a PE, mayor R2, y menor la varianza del error de predicción (PEV). Las tendencias para R2 y PEV se mantuvieron tanto para EBV como para DEBV utilizadas como variables de respuesta. Los estimadores de correlación genética entre TGV y GBV variaron de 0.41 a 0.53 en los dos escenarios estudiados. La R2 disminuyó cuando PT y PE estuvieron más separadas. Hubo ligeras ventajas de utilizar DEBV como variables de respuesta en lugar de EBV.

  • English

    Highly accurate predicted genetic values must be obtained at an early age to promote rapid genetic progress. The objectives of this study were to compare accuracies (R2) of genomic values (GVs) and to estimate genetic correlation between true genetic values and genomic values obtained using predicted breeding values (EBV) and deregressed EBV (DEBV) as response variables. A first population, effective population size 800 and 100 generations, was simulated using the QMSim program to generate linkage disequilibrium. Thereafter, 20 males and 200 females were used to generate a second 14-generation population, with 6,400 individuals per generation and its corresponding phenotype and genotype in SNP terms. Generations 7 to 14 of the second population were used in several combinations as training (PEn) and evaluation (PEv) subpopulations. GVs, their accuracies, and genetic correlations were obtained using the GenSel and ASREML programs. When PEn was the largest, the mean R2 of GV was the highest, 0.77 ± 0.01. The closer PEn was to PEv, the higher the R2, and correspondingly, the lower the predicted error variance. The trends for R2 and PEV held true for both EBV and DEBV used as response variables. Genetic correlation estimates between true genetic values and GVs varied from 0.41 to 0.53 in the two scenarios studied. They decreased when PEn and PEv were farther apart. There were only slight advantages of using DEBVs as response variables over using EBVs.