Understanding DNA hairpins opening rates by mesoscopic model

• Marta Marty Roda ^[1] ; Santiago Cuesta López ^[1] ; Oda Dahlen ^[2] ; Titus S. van Erp ^[2]
  1. [1] Universidad de Burgos

     Universidad de Burgos

     Burgos, España

     
  2. [2] Norwegian University of Science and Technology

     Norwegian University of Science and Technology

     Noruega

     
• Localización: II Jornadas de Doctorandos de la Universidad de Burgos: Universidad de Burgos. 10 y 11 de diciembre de 2015 / coord. por Miguel Ángel Iglesias Río; Luis Antonio Sarabia Peinador (dir.), 2015, ISBN 978-84-16283-18-7, págs. 623-628
• Idioma: inglés
• Texto completo no disponible (Saber más ...)
• Resumen
  • español

    Hemos aplicado una adaptación del modelo Peyrard-Bishop-Dauxois (PBD) para estudiar la desnaturalización de horquillas de ADN para las cuales hay disponibles datos experimentales. Este es uno de los primeros estudios cuantitativos en el cual, resultados dinámicos obtenidos del modelo mesoscópico, se compran con experimentos. Nuestros resultados muestran que, añadiendo una barrera entropica al potencial del modelo PBD, podemos reproducir de forma precisa los resultados experimentales.

  • English

    We applied an adaptation of the PBD model to study hairpin denaturation for which experimental data are available. This is one of the firsts quantitative studies in which dynamical results from the mesoscopic PBD model have been compared with experiments. Our results shows that adding a entropic barrier to the potential of the PBD model, we can reproduce accurately the experiments results.