Topology predictions of membrane spanning region in Plasmodium yoelii ABC proteins

• Iván Ferrer-Rodríguez ^[1]
  1. [1] InterAmerican University of Puerto Rico

     InterAmerican University of Puerto Rico

     Puerto Rico

     
• Localización: Revista Biomédica, ISSN-e 2007-8447, ISSN 0188-493X, Vol. 19, Nº. 1, 2008, págs. 53-60
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Predicciones de topología de las regiones transmembranales de las proteínas ABC de P.yoelii
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• Resumen
  • español

    Introducción. El problema de resistencia a drogas en malaria continúa en aumento y representa un gran problema de salud. La resistencia a drogas en los Plasmodia es un fenómeno complejo frecuentemente mediado por proteínas de membrana de la familia ABC (ATP-Binding Cassette), las cuales se caracterizan por la presencia de lugares de enlaces a nucleótidos (NBS) y una región con dominios transmembranales (MSD).

    Objetivo. El objetivo principal del trabajo es analizar el desempeño de diferentes herramientas cibernéticas para predecir la topología de las proteínas ABC en P. yoelii.

    Material y Métodos. Se identificaron las proteínas ABC en PlasmoDB 5.4 utilizando la herramienta de búsqueda de términos, con ABC como la palabra clave. Las proteínas identificadas fueron analizadas utilizando siete herramientas cibernéticas que predicen NBS y MSD. Los programas fueron clasificados con base en el número de predicciones correctas e incorrectas.

    Resultados. Siete de las 23 proteínas que fueron identificadas poseían la estructura de arquitectura típica de las proteínas ABC con regiones transmembranales. El número de dominios transmembranales en las proteínas varió entre 4-11. TMHMM 1.0 generó la mejor comparación en relación a la anotación de referencia en PlasmoDB (TMHMM 2.0) con 51 predicciones correctas, seguido por Phobius, TMPRED y HMMTOP.

    MEMSAT y SPLIT tuvieron el menor número de predicciones correctas.

    Conclusiones. Se realizaron predicciones de topología de las regiones transmembranales de las proteínas ABC de P. yoelii. Estos análisis deben proveer información adicional sobre la estructura de las proteínas ABC y deben servir de guía a los investigadores para entender mejor el papel que estas proteínas podrían desempeñar en los procesos biológicos del parásito

  • English

    Introduction. Malaria drug resistance continues on the rise and constitutes a major health problem. Drug resistance in Plasmodia is a complex phenomenon often mediated by membrane proteins belonging to the ATP-Binding Cassette (ABC) superfamily of transporter, which are characterized by the presence of nucleotide-binding sites (NBS) and membrane spanning domains (MSD).

    Objective. The main objective of this paper is to analyze the performance of a variety of tools to predict the transmembrane topology of ABC proteins in P. yoelii.

    Material and methods. ABC proteins were identified in PlasmoDB 5.4 using the Search term tool querying with ABC as keyword. Protein sequences were analyzed for prediction of NBS and MSD using seven different bioinformatics tools. Each program was rated based on the number of correct and incorrect predictions.

    Results. Seven of the 23 proteins identified contain the typical architecture structure of ABC proteins with transmembrane regions. The number of transmembrane domains in the proteins ranged from four to 11. TMHMM 1.0 provided the best comparison to the reference annotation in PlasmoDB (TMHMM 2.0) with 51 correct predictions, followed by Phobius, TMPRED and HMMTOP. MEMSAT and SPLIT have the lowest number of correct predictions.

    Conclusions. We performed topology predictions of membrane spanning regions in P. yoelii ABC proteins. These analyses should provide further information about the structure of the ABC proteins and could guide researchers to understand better the role that these proteins can play in biological processes in the parasite