Resumen de Efficient protocols for the extraction of microbial DNA from the rhizosphere of hydrophilic forests in Chile

Pablo Cáceres, Cecilia Cordero, Gloria Gonzalez, Karla Quiroz Bravo, Juan C. Bobadilla, Carmen Bravo, Peter Caligari, Basilio Carrasco, Rolando García Gonzáles

• español

  Se evaluó el uso de Buffer de lisis (Protocolo BA), Buffer de lisis modificado (Protocolo BA Mod) y el uso de kit comercial de extracción (Protocolo PS Kit) (Power Soil, Mo bio Laboratories, CA USA) y su efectividad para producir ADN de calidad biológica con rendimientos que permitan su uso en estudios de biodiversidad. De igual forma, se evaluó el efecto del nitrógeno líquido en el proceso de ruptura celular en todos los protocolos estudiados. Se obtuvieron rendimientos de ADN desde 12,4 hasta 9620 ng g-1 de suelo procesado utilizando los métodos basados en el buffer de lisis modificado y kit de extracción comercial. La calidad biológica del ADN se determinó mediante la habilidad del ADN para producir eficientes y reproducibles Reacciones en Cadena de la Polimerasa utilizando partidores del ADN ribosomal 16 S y 18 S de bacterias y hongos, respectivamente. Se obtuvo ADN de calidad biológica para PCR en todos los protocolos, pero la eficiencia del método dependió de la dilución del ADN previo al desarrollo de las PCRs. Los tres métodos de extracción generaron productos de PCR por encima del 90% de las muestras analizadas. Se observó que el factor de dilución del ADN afecta la eficiencia de la técnica de PCR en los tres protocolos evaluados pues para la extracción con Kit comercial, la mayor eficiencia en el PCR se obtuvo cuando la dilución 10-1 fue utilizada. El método basado en el buffer de lisis produjo la mayor eficiencia (90%) utilizando la dilución 10-2. Por otro lado, el protocolo buffer de lisis modificado generó la más alta eficiencia utilizando la dilución 10-3 con un 95% de eficiencia. Los métodos evaluados permiten, por primera vez, la obtención eficiente y confiable de ADN de alta calidad a partir la rizósfera del bosque hidrófilo chileno.

• English

  A lysis buffer-based protocol (Protocol BA), a modified lysis buffer-based protocol (Protocol BA Mod) and a commercial extraction kit (Protocol PS Kit) (Power Soil, Mo bio Laboratories, CA USA) were each evaluated for their ability to produce high-quality DNA with yields sufficient to allow its use in biodiversity studies. Similarly, the effect of liquid nitrogen on the process of cell disruption in all of the protocols that were studied. DNA yields ranged from 12.4 ng g-1 of processed soil to 9620 ng g-1 using the modified lysis buffer and commercial extraction kit, respectively. The quality of the DNA was determined by the ability of the DNA to produce efficient and reproducible polymerase chain reaction (PCR) products, using primers for universal 16S and 18S ribosomal RNA regions from bacteria and fungi, respectively. High-quality DNA was obtained to run PCRs in all protocols, but the efficiency of the method depended on the dilution of the DNA prior to performing the PCR. The three extraction methods generated PCR products with 90% efficiency. The DNA produced with the commercial kit was able to produce the highest PCR efficiency (95%) when the 10-1 dilution was used. The method based on the use of lysis buffer produced the highest efficiency (90%) using a 10-2 dilution. Meanwhile, the modified lysis buffer-based protocol generated the highest efficiency of PCR products using the 10-3 dilution factor with 95% of efficiency. For the first time, reliable and efficient DNA isolation from the rhizosphere of hydrolic forest is documented, enabling a wide range of applications for this technique.