La secuenciación masiva de genomas únicos, también conocida como Ultra Deep Sequencing (UDS), ha permitido grandes avances en el campo de las ciencias biomédicas. En el campo de la virología, supone una excelente oportunidad para estudiar la variabilidad genética de los virus. Por ello, en el escenario de un virus con una alta capacidad de replicación y una elevada tasa de error de la enzima que se encarga de este proceso, como es el caso del Virus de la Inmunodeficiencia Humana (VIH), la UDS proporciona una herramienta de especial utilidad para caracterizar con mayor profundidad los detalles relacionados con su variabilidad. En este sentido, uno de los mayores avances ha sido la caracterización de lo que se ha venido en denominar �virus fundadores� en la infección por VIH, cuya descripción tiene una especial trascendencia en el desarrollo de vacunas frente al VIH. Esta tecnología también permite estimar aspectos virológicos relacionados con VIH tan importantes como la dinámica de poblaciones, la evolución viral, y el estudio y caracterización de las superinfecciones y sobreinfecciones.
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