El conocimiento de la epidemiología de las enfermedades fúngicas invasoras en el entorno sanitario permite establecer los niveles de actuación necesarios para su prevención. Un primer paso es identificar los grupos de pacientes de mayor riesgo de enfermedad fúngica invasora, establecer los factores de riesgo precisos, observar los periodos de mayor peligro y analizar el perfil epidemiológico propio en géneros y especies así como sus patrones de resistencias. Además, deben programarse los mecanismos para evitar la exposición persistente a los patógenos fúngicos potenciales, determinando las áreas protegidas y las medidas recomendables, tales como el control de la calidad del aire y del agua dentro y fuera del hospital, así como promocionando diseños arquitectónicos adecuados de las instituciones sanitarias. Por último, pese a la correcta implementación de estas medidas, debe considerarse el uso de profilaxis antifúngica en grupos de pacientes seleccionados de muy alto riesgo siguiendo los documentos y guías publicados
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