Aerially transmitted human fungal pathogens: What can we learn from metagenomics and comparative genomics?

• Autores: Cécile Marie Aliouat-Denis, Magali Chabé, Laurence Delhaes, Eduardo Dei Cas
• Localización: Revista Iberoamericana de Micología, ISSN 1130-1406, Vol. 31, Nº. 1, 2014 (Ejemplar dedicado a: V International Workshop: Molecular genetic approaches to the study of human pathogenic fungi, Oaxaca, México, 23-26 de octubre 2012), págs. 54-61
• Idioma: inglés
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    En las últimas décadas se ha reconocido cada vez más la in?uencia de los hongos patógenos para el ser humano, y cuya transmisión es aérea, en el curso clínico de afecciones pulmonares crónicas, como el asma, la ?brosis quística o la enfermedad pulmonar obstructiva crónica. Gracias al desarrollo reciente de métodos de secuenciación de alto rendimiento, que no requieren cultivo, en la actualidad los análisis metagenómicos permiten detectar, identi?car e incluso cuanti?car comunidades de microorganismos procariotas o eucariotas que habitan en las vías respiratorias del ser humano, y acceder a la complejidad de las comunidades microbianas cuya población es de baja densidad, que posiblemente desempenan � un papel en las enfermedades pulmonares crónicas. En la presente revisión examinamos cómo los estudios metagenómicos y genómicos comparativos pueden ayudar a superar los obstáculos de los cultivos de hongos,mejorarnuestros conocimientos sobre labiología fúngica,desvelar eldiálogocruzado(crosstalk) entre el pulmón del huésped y la microbiota fúngica asociada, y adquirir información sobre la in?uencia patogénica de estos hongos transmitidos por el aire que afectan al ser humano. Revisamos los estudios metagenómicosylos análisisgenómicos comparativosdemicroorganismos cuidadosamente seleccionados, y con?rmamos la utilidad de estas estrategias para de?nir mejor la biología y la patogenia de hongos de transmisión aérea que son patógenos para el ser humano. Los esfuerzos por generar y analizar e?cientemente la ingente cantidad de datos obtenidos con estos nuevos métodos deberán continuar, y es posible que ofrezcan un mejor tratamiento de los pacientes portadores de enfermedades pulmonares crónicas

  • English

    Inthe lastfew decades, aerially transmittedhumanfungal pathogenshave beenincreasingly recognized to impact the clinical course of chronic pulmonary diseases, such as asthma, cystic ?brosis or chronic obstructivepulmonarydisease.Thanks torecentdevelopmentof culture-freehigh-throughput sequencing methods, the metagenomic approaches are now appropriate to detect, identify and even quantify prokaryotic or eukaryoticmicroorganismcommunities inhabitinghumanrespiratory tract and to access the complexity of even low-burden microbe communities that are likely to play a role in chronic pulmonary diseases. In this review, we explore how metagenomics and comparative genomics studies can alleviate fungal culture bottlenecks, improve our knowledge aboutfungal biology, liftthe veil on crosstalks between host lung and fungal microbiota, and gain insights into the pathogenic impact of these aeriallytransmittedfungithat affecthumanbeings.We reviewedmetagenomic studies andcomparative genomic analyses of carefully chosenmicroorganisms, and con?rmed the usefulness of such approaches to better delineate biology and pathogenesis of aerially transmitted human fungal pathogens. Efforts to generate and ef?ciently analyze the enormous amount of data produced by such novel approaches have to be pursued, and will potentially provide the patients suffering from chronic pulmonary diseases with a better management