Estructura secundaria y mapa de variabilidad de la subunidad pequeña del ARNr de Entamoeba: posibles implicaciones para la taxonomía del género

• Autores: S. Alfonso, R. A. Martínez-Díaz, Francisco Ponce-Gordo
• Localización: Revista Ibero-latinoamericana de parasitología, ISSN 0718-8730, Vol. 71, Nº. 2, 2012, págs. 125-137
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Secundary structure and variability map of the Entamoeba rRNA small subunit: possible taxonomic implication for the genus
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• Resumen
  • español

    La taxonomía molecular del género Entamoeba basada en la secuenciación y comparación de la subunidad pequeña del ARNr (ARNr-16S) es confusa, ya que no existe un criterio uniforme respecto a qué o cuántas diferencias entre secuencias permiten diferenciar especies o variantes subspecíficas. En este trabajo analizamos la importancia de las diferencias entre secuencias e identificamos las regiones potencialmente útiles para estudios taxonómicos. Proponemos un modelo de la estructura secundaria del ARNr-16S de Entamoeba obtenido mediante modelado homólogo de 25 secuencias completas pertenecientes a 19 especies. A partir de este modelo hemos determinado el mapa de variabilidad del gen, identificando las hélices en donde se acumulan las sustituciones entre secuencias. Dichas hélices se encuentran, en la estructura terciaria, en regiones alejadas de la zona de interacción con el ARNm y los ARNt. El análisis de la secuencia-estructura de las hélices variables muestra la existencia de numerosos cambios de base compensatorios (CBCs) entre las distintas especies; de ellas, la hélice accesoria 45/e1parece una buena candidata para su uso en estudios taxonómicos. Las relaciones entre las distintas especies, obtenidas por comparación de los CBCs entre las secuencias analizadas, son básicamente las mismas que las publicadas en estudios filogenéticos con diversos modelos de evolución

  • English

    The molecular taxonomy of the genus Entamoeba based on sequence comparisons of the small subunit rRNA (16S-rRNA) is confused as there are different criteria regarding the number and importance of the sequence differences for species or subspecies identification. In the present work we analyze the importance of the sequence differences and we identify the regions that could be potentially useful for taxonomic studies. We propose a secondary structure model of the Entamoeba 16S-rRNA obtained by homology modeling after analysis of 25 complete sequences belonging to 19 species. From this model we have determined the variability map of this gene this allowing the identification of the helices accumulating most of the substitutions. These helices are located far from the mRNA and tRNA interaction sites in the tertiary structure. The sequence-structure analyses of the variable helices have shown the existence of numerous compensatory base changes (CBCs) between the different species. The accessory helix 45/e1 seems to be a good candidate for taxonomic studies. The relations between the Entamoeba species obtained after CBC comparisons between the analyzed sequences are basically the same that those published in phylogenetic studies where several evolution models have been used