A importância da escala regional para a implementação de políticas de inovação generalizou-se em paralelo com uma grande atenção teórica à noção de sistema regional de inovação. Apesar do seu desenvolvimento e de uma aplicação generalizada através de programas regionais na União Europeia, este conceito permaneceu relativamente ambíguo. O artigo, partindo da comparação entre duas regiões fronteiriças, o Algarve em Portugal e a Andaluzia em Espanha, ilustra os limites a que as intervenções regionais da inovação podem estar sujeitas. As duas regiões NUTS II apresentam níveis de desenvolvimento económico, medidos pelo PIBpc, muito semelhantes, mas distanciam-se em muitas outras dimensões. Esta comparação contribui para compreender as dificuldades de replicar políticas baseadas em boas-práticas e a necessidade de dar maior atenção à governação territorial na elaboração de estratégias de inovação.
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