Prototipo de arquitectura de computación reconfigurable para el algoritmo de BLASTN

• Autores: Ramiro Andrés Barrios Barrios Valencia, José Alfredo Jaramillo Villegas, Juan David Hincapié Zea
• Localización: Scientia et Technica, ISSN 0122-1701, Vol. 1, Nº. 47, 2011, págs. 153-157
• Idioma: español
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• Resumen

  • Blast es uno de los programas más utilizados por los investigadores en Bioinformática [1]. Este software es en realidad una recopilación de cinco subprogramas (blastn, blastp, blastx, tblastn y tblastx). Para su ejecución en un proyecto real, requiere de sistemas de cómputo con altas capacidades de procesamiento y memoria. Al reemplazar la función de búsqueda que se ejecutaba en los procesadores, por una que se procese sobre una plataforma de computación reconfigurable, permite liberar al procesador de dicha tarea y puede significar una reducción en tiempos de ejecución, proporcionando gran ayuda a las investigaciones en secuenciación genética.