La patogenia y lesiones del síndrome respiratorio bovino se corresponden con las características de una infección respiratoria provocada por virus o micoplasmas. Estos agentes determinan, previa penetración por vía aerógena, lesiones primarias en el pulmón, corresdientes a una neumonía intersticial. El revestimiento epitelial alveolar y bronquiolar experimenta una proliferación y es frecuente la aparición de células sincitiales multinucleadas y de cuerpos de inclusión víricos intracelulares. Los tabiques interalveolares sufren un engrosamiento por acúmulo de células mononucleares y prerivasculares. Por complicación bacteriana se establecen lesiones secundarias correspondientes a una neumonía exudativa, de tipo fibrinoso o catarral-purulento, en función del agente bacteriano coplicante. Estas lesiones se localizan ordinariamente en las porciones craneales del pulmón. Asimismo, suelen observarse bronquitis fibrinosa o catarral en su caso, edema y/= enfisema intersticiales, peluritis, laringotraqueítis, y linfadenitis aguda simple, en los ganglios linfáticos regionales.
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