Comparación de modelos novedosos de proximidad en quimioinformática

• Autores: Oscar Miguel Rivera Borroto, Yoandy Hernández Díaz, José Manuel García de la Vega, Ricardo del Corazón Grau Ábalo, Yiovani Marrero Ponce
• Localización: Afinidad: Revista de química teórica y aplicada, ISSN 0001-9704, Vol. 69, Nº. 560, 2012, págs. 272-277
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Comparison of novel proximity models in Chemoinformatics
  • Comparació de models nous de proximitat en Quimioinformàtica
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• Resumen
  • español

    El presente trabajo comprende la implementación computacional en el ambiente Java de 21 modelos de proximidad para usarlos en experimentos simulados de búsqueda de similitud; nueve de estos modelos son novedosos en Quimioinformática pues proceden del área de la Psicología, los otros 12 son medidas ya establecidas de la literatura especializada. Posteriormente, las medidas de similitud fueron comparadas y validadas en la "recuperación temprana" usando nueve conjuntos de datos de la Química Medicinal, representados por descriptores numéricos seleccionados por Aprendizaje Automático y un algoritmo de búsqueda eficiente. Los resultados muestran que en tendencia promedio los nuevos modelos se comportan superiormente a los de referencia y que más de la mitad de los mismos se sitúan entre los diez modelos más potentes.

  • català

    Aquest treball comprèn la implementació computacional en l’entorn ambient Java de 21 models de proximitat per usar-los en experiments simulats de recerca de similitud; nou d’aquests models són nous en Quimioinformàtica doncs procedeixen de l’àrea de la Psicologia, els altres 12 són mesures ja establertes de la literatura especialitzada. Posteriorment, les mesures de similitud van ser compara-des i validades en la “recuperació primerenca” usant nou conjunts de dades de la Química Medicinal, representats per descriptors numèrics seleccionats per Aprenentatge Automàtic i un algoritme de recerca eficient. Els resultats mostren que en tendència mitjana els nous models es comporten millor que els de referència i que més de la meitat se situen entre els deu models més potents.

  • English

    This work comprises the computational implementation in the Java environment of 21 proximity models to be used in simulated experiments of similarity searching, nine out of which are novel in Chemoinformatics since they come from the psychology field, and other 12 are measures already established in the specialized literature. Afterwards, the similarity measures were compared and assessed at the “early retrieval” using nine data sets from medicinal chemistry, represented by machine learning-selected real descriptors, and one efficient matching algorithm. Results show that in average trends the new models perform su-periorly with respect to the reference ones, and more than half of them are among the top-10 models.