Los isótopos estables del O y el N en el nitrato son utilizados con frecuencia para conocer las fuentes de la contaminación de aguas y suelos. Sin embargo, la superposición de valores isotópicos para disrintos orígenes de los nitratos y la inercia de la afección de las prácticas agrícolas históricas en las aguas subterráneas limitan la capacidad discriminatoria de ese método en algunos casos, como el que se presenta, de la Depresión Intermedia en Cuenca (España). En estas situaciones es clave hacer un adecuado planteamiento inicial de los posibles orígenes de nitratos a investigar, para definir el tipo de datos hidrogeológicos a obtener y los posibles trazadores ambientales adicionales a estudiar si se quiere lograr una interpretación correcta e integrada de los resultados. Es siempre imprescindible, para el diseño del estudio y de las estrategias de protección de la calidad de los recursos hídricos, un buen conocimiento hidrogeológico e hidroquímico del medio, de la evolución de las prácticas productivas y de la ordenación del territorio en general.
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