Detección múltiple de SNPs relacionados con crecimiento y calidad de carne en porcino

• Autores: José Ángel Padilla Peñas, F. Javier Portilla, Justa Salazar, Juan Carlos Parejo, Margarita Martínez Trancón, Araceli Rabasco Mangas, M. Esther Sansinforiano, Juan Manuel Corral Jiménez, Mercedes Izquierdo Cebrián, Francisco Ignacio Hernández García
• Localización: Archivos de zootecnia, ISSN-e 1885-4494, ISSN 0004-0592, Vol. 59, Nº 226, 2010, págs. 233-244
• Idioma: español
• Títulos paralelos:
  • Multiplex detection of SNPs associated with growth and meat quality in pigs
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  • español

    Se describe un método basado en análisis por primer extension para genotipar simultáneamente 7 SNPs relacionados con el crecimiento y la calidad de la carne en porcino. Las muestras de ADN genómico fueron obtenidas de 193 animales pertenecientes a varias razas (54 Ibérico, 63 Duroc, 47 Large White-Landrace x Large White) y a jabalí (29). A partir de las secuencias de los genes H-FABP, MC4R y LEPR, se diseñaron 4 parejas de cebadores con el fin de amplificar las regiones del genoma porcino que contienen esos 7 SNPs. La reacción de minisecuenciación primer extension (ABI PRISM SNaPshot MultiplexTM kit. Applied Biosystem) se realizó con cebadores diseñados en las regiones flanqueantes de cada uno de los SNPs de interés. Los genotipos fueron identificados por mini-secuenciación con ABIPrism 3130 y GeneMapper 3.7 (Applied Biosystems) pudiéndose así discriminar, en una sola reacción, los diferentes alelos de los 7 SNPs de cada animal. Gracias a esta técnica han sido detectados los polimorfismos T221C y C233T del gen LEPR (Genbank AF092422), que no eran reconocibles por enzimas de restricción. Este método permite identificar los animales con genotipo más deseables para la selección.

  • English

    This work describes a method based on primer extension analyses to genotype simul-taneously seven SNPs associated with growth and meat quality in pigs. Genomic DNA samples were obtained from 193 animals belonging to several porcine breeds (54 Iberian, 63 Duroc and 47 Large White-Landrace x Large White) and 29 wild board. Four pairs of primers have been designed from the sequences of the genes H-FABP, MC4R and LEPR and were used for the multiplex amplification of regions in the pig genome containing seven SNPs. Primer extension reaction (ABI PRISM SNaPshot Multiplex� kit. Applied Biosystems) was realized with primers designed in the flanking regions to each of the SNP of interest. The genotypes were identified by minisequencing with ABIPrism 3130 and GeneMapper 3.7. (Applied Biosystems) and the different alleles of the seven SNPs were discriminated in a sole reaction. In this work have been detected, for the first time, the polymorphisms T221C and C233T of the LEPR gene (Genbank AF092422), which are not recognizable by restriction. This method allows identifying the carrying animals with the best desirable genotypes for selection.