Resumen de Analysis of the secondary structure of mitochondrial LSU rRNA of Peruvian land snails (Orthalicidae: Gastropoda)
- español
The alignment of ribosomal genes is difficult due to insertion and deletion events of nucleotides, making the alignment ambiguous. This can be overcome by using information from the secondary structure of ribosomal genes. The aim of this study was to evaluate the utility of the secondary structure in improving the alignment of the 16S rRNA gene in land snails of the family Orthalicidae. We assessed 10 Orthalicid species (five genera).
Total DNA was isolated and the partial 16S rRNA gene was amplified and sequenced using internal primers.
The sequences were aligned with ClustalX and manually corrected, in DCSE format, using the 16S rRNA secondary structure of Albinaria caerulea (Pulmonata: Clausiliidae). The sequences obtained ranged from 323 to 345 bp corresponding to parts of both domains IV and V of the 16S rRNA gene. The secondary structure was recovered by homology using RnaViz 2.0. Most stems are conserved, and in general the loops are more variable. The compensatory mutations in stems are related to maintenance of the structure. The absence of a bulge-stem-loop in domain V places the family Orthalicidae within the Heterobranchia.
- English
El alineamiento de genes ribosomales es dificultoso debido a eventos de inserción y deleción de nucleótidos, convirtiendo el alineamiento en ambiguo; esto puede ser superado utilizando la información de la estructura secundaria. El objetivo del presente trabajo es evaluar la utilidad de la estructura secundaria en mejorar el alineamiento del gen 16S rRNA de caracoles terrestres de la familia Orthalicidae. Se evaluaron 10 especies de Orthalicidos (5 géneros). El ADN total fue aislado y parte del gen 16S rRNA fue amplificado y secuenciado usando primers internos. Las secuencias fueron alineadas con ClustalX y corregidas a mano, en formato DCSE, usando la estructura secundaria del 16S rRNA de Albinaria caerulea (Pulmonata: Clausiliidae). Las secuencias obtenidas variaron de 323 a 345 pb correspondiendo a partes del dominio IV y V del gen 16S rRNA. Se pudo recuperar por homología la estructura secundaria para los Orthalicidos usando RnaViz 2.0. La mayoría de las hélices son conservadas, siendo en general los bucles más variables. El fenómeno de mutaciones compensatorias en las hélices, estaría relacionado con la conservación de la estructura. La ausencia de un �bulge-stem-loop� en el dominio V ubica a la familia Orthalicidae dentro de Heterobranchia.
