Simple sequence repeat (SSR) vs. sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers for "Cynara cardunculus" characterization

• Autores: R. Casadevall, E. Martin, V. P. Cravero
• Localización: Spanish journal of agricultural research, ISSN-e 2171-9292, ISSN 1695-971X, Vol. 9, Nº. 2, 2011, págs. 453-459
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Marcadores SSR (simple sequence repeat) vs. SRAP (sequence-related amplified polymorphism) en la caracterización de "Cynara cardunculus"
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  • español

    En la actualidad existe poca información acerca de la variabilidad genética presente en alcachofa y cardos (silvestres y cultivados). Conocer esta variabilidad es importante para utilizar eficientemente los recursos genéticos disponibles y comprender la estructura genética de estas variedades botánicas. Con el objetivo de determinar las distancias genéticas entre accesiones de Cynara cardunculus y comparar dos sistemas de marcadores moleculares en cuanto a su eficiencia para establecer diferencias entre las variedades, se realizó la caracterización molecular de 16 accesiones de diferentes orígenes geográficos. Para ello se utilizaron siete primers SSR y siete SRAP. Se calcularon las distancias genéticas y ambas matrices fueron sometidas a análisis de agrupamiento. Se encontraron alelos SSR exclusivos para alcachofa y cardo silvestre, pero no para cardo cultivado. El análisis de agrupamiento con ambos marcadores permitió identificar dos grandes grupos, el primero incluyó mayoritariamente accesiones de alcachofa mientras que el segundo agrupó a la mayoría de los cardos. Las diferencias observadas en la formación de sub-grupos con ambos sistemas se deberían a características intrínsecas de los mismos. En conclusión, ambos sistemas de marcadores resultan herramientas válidas para el estudio de distancias genéticas en C. cardunculus a pesar de que ambos brindan diferente tipo de información. Sin embargo, los patrones electroforéticos obtenidos con SSR son más simples de analizar que los SRAP ya que consisten en sólo unas pocas bandas, altamente informativas debido a que existe un elevado número de alelos codominantes en la población. Por otra parte, el uso de SSR permitiría reducir tiempos y costos.

  • English

    A little is known about the genetic variability present in globe artichoke, cultivated and wild cardoons. This knowledge is very important for efficient genetic resources utilization, and to gain a better understanding of genetic structure of this botanical varieties. With the aims to determine genetic distances between Cynara cardunculus accessions and to compare two molecular markers systems for their efficiency to differ between botanical varieties, a molecular characterization of sixteen accessions from different geographical origins was performed. Seven SSR and seven SRAP markers were used for varieties characterization and to calculate genetic distances between them. Both distance matrices were subjected to cluster analysis. Exclusive SSR alleles were found for globe artichoke and for wild cardoon, but non exclusive alleles were found for cultivated cardoon. For both markers systems two major groups were identified, one of them included mostly globe artichoke accessions and the other one grouped mainly cardoons. The differences observed in the sub-cluster conformation with each marker systems may be due to intrinsic characteristics of the markers. Concluding, both kind of molecular markers are valuable tools for studying genetic distances between C. cardunculus accessions although they give different information. Nevertheless, SSR electrophoretic profiles are simpler to score than SRAP markers because they consist of just a few bands. As well, bands are highly informative because of the great number of alleles existing in population and they are codominant markers. In addition, SSR�s use would reduce time and costs.