Objetivos. Analizar la mortalidad por defectos en el cierre del tubo neural (DTN) en niños menores de 5 años de edad, en México de 1998 a 2006 en municipios prioritarios y compararla con la relativa a defectos al nacimiento (DAN). Material y métodos. Las fuentes de datos fueron la Secretaría de Salud y el Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática. Se utilizó el análisis espacial para la selección de municipios y los criterios se basaron en percentiles. Resultados. Las defunciones por DTN representaron entre 39.63 y 56.91% de los defectos del sistema nervioso y disminuyeron 53%. La tasa descendió 59%. De las muertes, entre 86 y 93% correspondieron a menores de 5 años. La tasa en menores de 1 año descendió 51%; en los de 1 a 4 años, 60%. 205 municipios resultaron de alta prioridad, concentrando 63.23% de fallecimientos. El índice Kappa entre municipios prioritarios DAN/DTN fue 0.75. Conclusión. En los municipios seleccionados se deben enfatizar las acciones contra los DTN.
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