La información sobre la relación taxonómica entre especies de peces es fundamental para una identificación de las poblaciones naturales. La familia Characidae es un grupo de peces ampliamente distribuido en Centro y Suramérica el cual debe ser identificado, clasificado y preservado. En este estudio fue utilizado el Polimorfismo de ADN Amplificado al Azar (RAPD) para evaluar la relación taxonómica en cuatro especies tropicales de peces continentales localizados en el territorio colombiano, los cuales pertenecen a la familia Characidae; subfamilia Bryconinae: Brycon moorei y Brycon henni; y subfamilia Serrasalminae: Colossoma macropomum y Piaractus brachypomus. Treinta y cuatro de cuarenta iniciadores con secuencias de diez nucleótidos al azar (RAPD) produjeron 2.129 fragmentos amplificados de ADN, de los cuales 428 fueron identificados como marcadores específicos que discriminaron entre géneros y especies. El perfil de fragmentos mostró que Brycon moorei se separó del grupo de Brycon henni, y dentro de este último grupo fue posible discriminar entre muestras de dos diferentes cuencas; ríos Magdalena y río Cauca. Piaractus brachypomus y Colossoma macropomum se separaron de forma independiente y distante de la subfamilia Bryconinae. Además, dentro del grupo de Piaractus brachypzmus fue posible discriminar entre individuos provenientes de medio natural o de cultivo. La técnica de RAPD permitió un acercamiento a la sistemática de estas especies con miras a una apropiada identificación.
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