Dentro del programa de conservación de la raza ovina Xisqueta, iniciado el año 2000 por el Departament d�Agricultura, Ramaderia i Pesca de la Generalitat de Catalunya y la Universitat Autònoma de Barcelona, se está analizando la variabilidad genética de su genoma mitocondrial. Para ello, se ha analizado un fragmento de 666 pares de bases de la región control del DNA mitocondrial en 71 individuos pertenecientes a 13 subpoblaciones, distribuidas en diferentes comarcas. Los resultados revelaron que, a pesar de su reducido tamaño poblacional, la raza ovina Xisqueta conserva altos niveles de variabilidad genética (??= 0,01165±0,00056; h = 0,998±0,003). Por otro lado, no se detectaron evidencias de estructuración poblacional.
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