Resumen de Localización de fragmentos moleculares de tamaño pequeño mediante la aplicación de métodos vectoriales

C. Alvarez-Rúa, J. Borge, Santiago García Granda

• español

  Las funciones buscadoras de imágenes o «Image Seeking Funtions» (ISFa) son capaces de detectar un conjunto de vectors correspondientes a un modelo molecular en su correspondiente mapa de Patterson. Esto hace que se comporten bien como funciones de rotación en reemplazo molecular, método de resolución estructural de gran aplicación en cristalografía macromolecular. El éxito de malas funciones de rotación depende en gran medida de la disponibilidad de datos de difracción de alta resolución. En la actualidad,esto es posible de forma casi rutinaria -al menos para proteínas de pequeño tamaño- debido a la utilización de radiación de sincrotrón. Ente hecho ha pemitido desarrollar una nueva aplicación de una función de mutación basada en una ISP e implementada en un programa de cálculo de nombre OVIONE: determinar la orientación correcta de fragmentos moleculares que representan un porcentaje muy pequeño de la materia presente en la celda unidad (menos del 10%), siendo este límite de detección sensiblemente inferior al alcanzado mediante algoritmos convencionales de reemplazo molecular.

• English

  Image Seeking Functions (ISFs) were originally designed to deconvolute Patterson maps automatically by making use of the following property: a Patterson map can be considered as a sum of images of the molecules in the crystal unit cell. These functions also appeared to perform well as rotation functions in molecular replacement, because of their ability to detect a vector set from the search model in the Patterson map of the target structure. The performance of ISFs when used as rotation functions benefit from the availability of high resolution data. Nowadays, it is almost routine -at least for small proteins- to obtain data up to atomic resolution in synchrotron sources. This has made possible a new application of a vector search rotation function program (OVIONE): the determination of the correct orientation of molecular fragments representing only a small percentage of the total scattering matter in the unit cell (less than 10%). This allows the use of secondary structure motifs (like an ideal a-helix) as search models. Potential applications of this methodology are connected with the idea that there is a list of structural fragments from which all proteins can be assembled.