La pared celular de los hongos es una estructura con gran plasticidad que protege a la célula de diferentes tipos de estrés ambiental, entre los que destacan los cambios osmóticos. Además, la pared celular permite la interacción con el medio externo ya que algunas de sus proteínas son adhesinas y receptores. Algunos de sus componentes tienen una alta capacidad inmunogénica. La pared celular es una estructura característica de los hongos y está compuesta por glucanos, quitina y glicoproteínas. Al no estar presentes los componentes de la pared celular fúngica en el ser humano, esta estructura es una diana excelente para la terapia antifúngica. La anidulafungina, como el resto de las equinocandinas, actúa sobre la ß-1,3-D-glucano sintetasa inhibiendo la formación del ß-1,3-D-glucano y produce, según el tipo de hongo, un efecto fungicida o fungistático.
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