En la cuenca del río aja confluyen una serie de factores de origen antrópico que pueden afectar al equilibrio natural del ecosistema fluvial, tales como el desarrollo de una intensa actividad agrícola de regadío y la descarga de efluentes procedentes de pequeños núcleos urbanos e industriales. En mayo de 2003 se realizó una campaña de estudio del río aja. Se presenta una valoración de la calidad de sus aguas mediante la aplicación de índices bióticos y el análisis de la estructura de las comunidades macrobentónicas. El índice IBMWP alcanzó valores elevados en todas las estaciones, indicando un buen estado de conservación, aunque con tendencia a disminuir aguas abajo con respecto a la cabecera. Los índices de EPT riqueza, EPT/Chironomidae y Shannon presentaron valores reducidos en las estaciones del tramo medio-bajo del río.
En el análisis multivariante se aprecian dos factores que explican la estructura de la comunidad macrobentónica del río: el primero define un gradiente longitudinal de contaminación (orgánica y por nitrato), temperatura, pH y salinidad, y el segundo recoge las variaciones de caudal y el aporte de fosfato. La intensidad con que se manifiestan los impactos sobre la calidad del sistema es reducida y de carácter puntual, si bien existe el riesgo de que se acentúe durante el periodo estival.
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