Durante los años 1996 y 1997 se estudió estacionalmente la calidad biológica (mediante los índices BMWP' y ASPT') de las aguas del río Larraun, y se analizaron varios parámetros físico-químicos y microbiológicos. Según los resultados de los índices bióticos el río Larraun tuvo aguas de calidad buena o aceptable. Sin embargo el análisis de todas las variables analizadas mostró que existían tramos con afecciones por contaminación urbana, industrial y agrícola-ganadera, y alteraciones en el hábitat físico. El análisis conjunto de parámetros físico-químicos, microbiológicos e índices bióticos proporciona una mejor información sobre la calidad de las aguas o las alteraciones existentes en un río.
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