El agua subterránea es un agente geológico de carácter general. Esta percepción no se pudo desarrollar hasta los años 60-70, cuando se empezó a reconocer la naturaleza de sistema del flujo de las aguas subterráneas en cuenca, sus propiedades, geometría y factores de control. Las dos causas fundamentales para el papel activo de las aguas subterráneas en la naturaleza son su capacidad para interactuar con el medio ambiente y la distribución espacial del flujo subterráneo. Ambas tienen lugar simultáneamente y a cualquier escala de espacial o temporal. Así, el flujo subterráneo tiene lugar desde la superficie hasta a grandes profundidades, y desde escalas de un día hasta tiempos geológicos. En este artículo se identifican tres tipos principales de interacciones entre aguas subterráneas y medio ambiente, con ciertos procesos particulares para cada tipo de interacción: (1) Interacción química, con los procesos de disolución , hidratación, hidrólisis, oxidación-reducción, ataque químico, precipitación, intercambio iónico, reducción de sulfatos, concentración, y ultrafiltración u ósmosis ; (2) interacción física, con los procesos de lubricación y modificación de presiones intersticiales ; y (3) interacción cinética, con los procesos de transporte de agua, de materia acuosa y no acuosa y de calor. Dadas las características especiales de flujo en cuencas sedimentarias, los efectos de interacción son acumulativos en el tiempo y se distribuyen espacialmente de acuerdo con la geometría de los sistemas de flujo. El número y la diversidad de los fenómenos naturales que se generan por flujo subterráneo son prácticamente ilimitados, ya que los tipos básicos se pueden modificar por una o varias de las componentes del medio hidrogeológico: topografía, geología y clima..
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