Preliminary identification and phylogenetic relationships of begomoviruses associated with Capsicum spp. in the Yucatan peninsula, Mexico

• Autores: Rosa María Escobedo Gracia-Medrano, Josefina I. Maldonado-Borges, Lucila A. Sánchez-Cach, Yereni Minero-García, Cecilia Hernández Zepeda, Oscar A. Moreno Valenzuela
• Localización: Revista mexicana de fitopatología, ISSN-e 2007-8080, ISSN 0185-3309, Vol. 40, Nº. 3, 2022
• Idioma: inglés
• Títulos paralelos:
  • Identificación preliminar y relación filogenética de begomovirus asociados con Capsicum spp. en la península de Yucatán, México
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    Resumen Se colectaron plantas de chile con síntomas virales en la Península de Yucatán, México (YPM), con el objetivo de caracterizar la identidad parcial y las relaciones genéticas y filogenéticas de los begomovirus que infectan diferentes especies de chile, que incluyen Capsicum chinense, variedades locales de C. annuum, C. frutescens y C. annuum var. aviculare, así como algunas especies de maleza. Las muestras de hoja fueron colectadas durante dos temporadas de infestación severa de mosquita blanca. El ADN genómico de las plantas se extrajo y un fragmento de los begomovirus se amplificó utilizando cebadores universales. Los amplicones fueron secuenciados y utilizados para análisis genéticos y filogenéticos. Los resultados demostraron que el 90.1% de las plantas colectadas (151) estuvieron infectadas por begomovirus. Los datos mostraron que el Pepper golden mosaic virus (PepGMV) es el virus más frecuente en las plantas cultivadas, semicultivadas y silvestres que se analizaron en este trabajo. Además, las secuencias analizadas indicaron la presencia del Euphorbia mosaic virus-Yucatán Peninsula (EuMV-YP) en plantas de chile habanero, así como la predominancia del PepGMV en diferentes especies de maleza. La variación genética de las secuencias del fragmento del componente A de los begomovirus, mostró que los aislados del PepGMV analizados están estrechamente relacionados entre ellos y comparten un 95-99% de identidad. Los datos mostraron que los begomovirus que infectan a las plantas colectadas incluyen a las especies parcialmente identificadas como PepGMV, Pepper huasteco yellow vein virus (PHYVV), Tomato severe leaf curl virus (ToSLCV), Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) and EuMV-YP.

  • English

    Abstract Pepper plants with viral symptoms were collected in the Yucatan Peninsula, Mexico (YPM) with the objective to characterize the partial identity and the genetic and phylogenetic relationship of the begomoviruses infecting different pepper species, including Capsicum chinense, various C. annuum landraces, C. frutescens, C. a. var. aviculare, as well as some weeds. The leaf samples were collected during two severe whitefly infestation seasons. Total genomic DNA from the sampled plants was extracted and a fragment of the begomoviruses was amplified using universal primers. Amplicons obtained were sequenced and sequences were used for genetic and phylogenetic analysis. Our results demonstrate that 90.1 % of the total sampled plants (151) were infected with begomoviruses. The data identified Pepper golden mosaic virus (PepGMV) as the most frequent species found within cultivated, semi-cultivated, and wild-analyzed samples. In addition, sequence analysis indicates the presence of Euphorbia mosaic virus-Yucatán Peninsula (EuMV-YP) infecting a Habanero chili plant, as well as the predominance of PepGMV in different weed plant species. Genetic variation based on nucleotide distance analysis from partial DNA-A begomovirus sequences indicated that the PepGMV isolates were closely related among them sharing 95 to 99% nucleotide sequence identity. Data showed that begomovirus that infected the sampled plants included the partially identified species of PepGMV, Pepper huasteco yellow vein virus (PHYVV), Tomato severe leaf curl virus (ToSLCV), Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) and EuMV-YP.