Resumen de Análisis del pangenoma en Azospirillum brasilense

Jessica I. Licea Herrera, José Luis Hernández Mendoza, Jesús di Carlo Quiroz Velásquez, Ana V. Martínez Vázquez, Alfonso Méndez Tenorio

• español

  La bacteria Azospirillum brasilense ha sido estudiada por asociarse a la estimulación de crecimiento de plantas por producción de auxinas, especialmente del ácido indol acético, además de la fijación biológica de nitrógeno. El análisis de genomas se emplea para generar una matriz de huella genómica y con ellos construir un árbol para distinguir las diferencias entre especies de este género. El presente análisis se realizó con el método de la huella genómica virtual empleando el programa VAMPhyRE. Se diseñaron sondas para detectar 19 nucleótidos y con los resultados obtenidos se generó una matriz de huella genómica a partir de la cual se construyó un árbol genómico de mínima evolución el cual reveló las relaciones filogenómicas entre las especies delgénero resaltando que la especie A brasilen se está separada en un clado perfectamente diferenciado de las otras especies del grupo. Así mismo, el análisis permitió detectar que el genoma de A brasilen se este compuesto de 19.284 genes, equivalentes a 16 %de los genes anotados y conforman el core genome de las cepas analizadas. El 27 % son genes medianamente conservados. Esta es una evidencia de la gran variabilidad genómica de la especie. Además, se generó un gráfico del genoma de la especie. Además, empleando el programa PROKKA y el método de huella genómica virtual se creó una matriz de distancias que generó un árbol filogenómico de mínima evolución, sin raíz, en forma radial mostrando que todas las cepas de A brasilen se están alojadas en un mismo lado y separadas de las otras especies de este género.

• English

  The bacterium Azospirillum brasilense has been studied for being associated with the stimulation of plant growth by production of auxins, especially indole acetic acid, in addition to the biological fixation of nitrogen. Genome analysis is used to generate a genome fingerprint matrix and with them build a tree to distinguish the differences between species of this genus. To carry out this analysis, it was carried out with the virtual genomic fingerprinting method using the VAMPhyRE program. Probes were designed to detect 19 nucleotides and with the results obtained, a genomic fingerprint matrix was generated from which a genomic tree of minimal evolution was built, which revealed the phylogenomic relationships between the species of the genus, highlighting that the Brazilian species Ais separated in a clade perfectly differentiated from the other species of the group. Likewise, the analysis allowed us to detect that the A brasilense genome is composed of 19,284 genes, which is equivalent to 16 %of the genes annotated and make up the core genome of the strains analyzed. Likewise, 27 % are moderately conserved genes. This is evidence of the great genomic variability that the species presents. In addition, a graph of the genome of the species was generated. Also, using the PROKKA program and the virtual genomic fingerprinting method, a matrix of distances and a phylogenomic tree of minimal evolution were generated, without roots, in radial shape showing that all A. brasilenses trains are housed in the same clade and separated from the other species of this genus