Los efectos de la meditación están mediados por el sistema nervioso central, es más, el entrenamiento y la práctica continuada de la meditación produce cambios en el modo en el que el sistema nervioso responde a los estímulos externos y a la pérdida de su homeostasis interna. Estos cambios, como se ha visto, se resumen en que se produce una mejora en la capacidad de respuesta del organismo y una mayor facilidad para la recuperación del equilibrio homeostático que se altera en respuesta a situaciones o estímulos estresantes. Podríamos, pue,s concluir que la meditación produce un estado de atención relajada y que el aprendizaje de la misma consiste en un entrenamiento de la mente en su capacidad de dirigir y focalizar la atención con consecuencias directas sobre el funcionamiento del sistema nervioso central y periférico. Hans Selye pionero en el estudio de la respuesta de estrés y conocido por haber descrito el síndrome general de adaptación, ya proponía en sus últimos trabajos que la mejor forma de recuperarse y adaptarse a las situaciones estresantes inevitables de la vida diaria era la práctica de la relajación y de la meditación.
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