Utilización conjunta de la información aportada por los diferentes polimorfismos, snps y cnvs, en los estudios de asociación pangenómica: Aplicación al cáncer de vejiga

• Autores: Gaëlle Marenne
• Directores de la Tesis: Emmanuelle Génin (codir. tes.), Núria Malats Riera (codir. tes.)
• Lectura: En la Universidad Autónoma de Madrid ( España ) en 2012
• Idioma: español
• Tribunal Calificador de la Tesis: Fernando Rodríguez Artalejo (presid.), Juan Cruz Cigudosa García (secret.), Philippe Brolet (voc.), Kristel van Steen (voc.), Richard Redon (voc.)
• Enlaces
  • Tesis en acceso abierto en: digitool-uam.greendata.es
• Resumen

  • Las variaciones en número de copias (CNV) son ganancias o pérdidas de parte de la secuencia de ADN y pueden jugar un papel en la susceptibilidad a determinadas enfermedades. Las CNV pueden ser detectadas por arrays de SNP de alta resolución analizando las intensidades de los alelos con algoritmos de detección de CNV, tales como CNVpartition, PennCNV y QuantiSNP. En esta tesis, hemos evaluado el comportamiento de estas herramientas para la detección de CNV a nivel del genoma completo y de su asociación con enfermedades. También investigamos estrategias de asociación que combinan la información del alelo y del número de copias para SNPs situados en CNV. Hemos aplicado estas estrategias para llevar a cabo un estudio de asociación pangenómico con los datos del estudio español de cáncer de vejiga (SBC)/EPICURO generados por el array de SNP Illumina 1M.

    Observamos que los algoritmos de detección de CNV tienen, globalmente, una baja fiabilidad y sensibilidad. En la región del gen GSTM1 donde existe una CNV muy frecuente que se asocia con el riesgo de cáncer de vejiga, los algoritmos de detección de CNV muestran rendimientos bajos. Sin embargo, usando la medida de intensidad de los alelos (LRR) en el test de asociación nos permitió detectar esta asociación conocida, por lo que proponemos utilizar el LRR para el cribado de CNV en el genoma completo. Para el análisis combinado de alelo y número de copia en SNPs situados en regiones con CNV, exploramos varias estrategias de test de asociación y mostramos que la más potente usaba un modelo de dos términos con la suma y la diferencia del número de copias de los dos alelos. Por último, aplicando estas estrategias al estudio (SBC)/EPICURO, identificamos CNV potencialmente asociadas con el riesgo de cáncer de vejiga, así como SNPs cuyos alelos y números de copias podrían estar implicados en el riesgo de cáncer de vejiga.