En este trabajo se ha estudiado la zona Pantaneira partiéndose de una revisión histórica de su origen para identificar posibles razas caballares que pudieron influir en su formación. Se utilizó una batería de 12 microsatélites para la caracterización genética del núcleo de la raza Pantaneira y además para estudios comparativos con las razas Pura Raza Español (PRE), Pura Sangre Ingles (PSI), Árabe y Criollo Uruguayo con el fin de contrastar los datos históricos.
Finalmente se realizó un análisis genealógico para la verificación de las informaciones de registro genealógico procedentes de este núcleo. Los resultados indican que la población del caballo Pantaneiro estudiada se presenta genéticamente bien estructurada con un elevado grado de diversidad genética, claramente definida frente a otras razas y se confirman las teorias históricas sobre el origen ibérico de la raza. La rotación de sementales adoptada en el manejo del núcleo viene favoreciendo el aumento de la variabilidad genética.
Los valores de distancia genética obtenidos para las cinco poblaciones estudiadas y el análisis de la distancia individual sitúan al caballo Pantaneiro con una entidad propia a pesar de la gran variabilidad genética descrita.
La batería de marcadores empleada fue eficiente para realizar las pruebas de genealogía detectando dos errores de asignación Madre/Hijo y uno Progenitor/Hijo, posibilitando también la resolución de los mismos.
Finalmente se indica la utilización de los marcadores genéticos en el control de los registros genealógicos, planes de conservación y mejora de la raza Pantaneira.
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