Resumen de Estudio de las propiedades conformacionales de las proteínas mediante el uso de modelos de baja resolución basados en la discretización de las coordenadas internas
El campo que estudia las propiedades y comportamiento de las proteínas así como las interacciones entre ellas es tan complejo que a día de hoy resulta complicada su caracterización en detalle, sea utilizando herramientas experimentales o mediante análisis de modelización, como la homología o las técnicas ‘ab initio’. Debido a su importancia en las funciones biológicas y el amplio rango de actividades que desempeñan las proteínas, resulta indispensable la creación y utilización de nuevos modelos/programas que sirvan como herramientas eficaces para su estudio. Esto ha hecho que se haya desarrollado una serie de modelos de baja resolución que permiten realizar simulaciones cuando no es necesario un gran detalle estructural pero se requieren tiempos de simulación elevados.
En el presente trabajo hemos desarrollado un modelo propio y hemos explorado su viabilidad en dos casos de relevancia biológica.
El objetivo principal de este trabajo ha sido el desarrollo de un programa versátil que pueda utilizarse en diferentes tipos de estudios; se basa en un modelo simplificado de la estructura de la proteína que utiliza únicamente los carbonos alfa de la proteína y discretiza su espacio conformacional.
Las aplicaciones constituyen el segundo objetivo de este trabajo, y van encaminadas a valorar la aplicabilidad del programa. En un primer estudio hemos desarrollado un protocolo específico para el estudio de las mutaciones de las regiones de baja complejidad en las proteínas (LCRs), y extraemos conclusiones biológicamente relevantes sobre la patogenicidad de sus mutaciones.
En el segundo estudio hemos obtenido un bloque de resultados donde hemos analizado el efecto del volumen excluido sobre las correlaciones entre residuos. Esto nos ha permitido identificar la existencia de un efecto no biológico en el que las correlaciones aumentan cuando mayor es la distancia geométrica entre los residuos.
