Ampliación y validación de una nueva base de datos para la identificación de Aspergillus SPP. Mediante EM MALDI-TOF
- Autores: María de los Reyes Vidal Acuña
- Directores de la Tesis: Javier Aznar (dir. tes.), María José Torres Sánchez (dir. tes.), Maite Ruiz Pérez de Piappon (dir. tes.)
- Lectura: En la Universidad de Sevilla ( España ) en 2018
- Idioma: español
- Número de páginas: 186
- Tribunal Calificador de la Tesis: José Carlos Palomares Folia (presid.), Fátima Galán Sánchez (secret.), Manuel Antonio Rodríguez Iglesias (voc.), José Miguel Cisneros (voc.), María José Linares Sicilia (voc.)
- Programa de doctorado: Programa de Doctorado en Biología Molecular, Biomedicina e Investigación Clínica por la Universidad de Sevilla
- Materias:
- Enlaces
- Tesis en acceso abierto en: Idus
- Resumen
Objetivo: construir una nueva base de datos en el espectrómetro de masas MALDI-TOF, para la identificación de especies de Aspergillus aisladas a partir de muestras clínicas. El trabajo permitió conocer la distribución de Aspergillus spp., incluyendo especies crípticas, en las muestras clínicas. Finalmente, el trabajo se completó con el estudio de sensibilidad antifúngica de las cepas del estudio.
Método: de un total de 379 cepas clínicas de Aspergillus, 179 fueron seleccionadas para ser identificadas por secuenciación de los genes β-tubulina y calmodulina. La biblioteca se creó a partir de 42 de estas cepas y de 11 cepas de referencia. Las nuevas entradas se realizaron a partir de cultivos en medio líquido. La validación de la biblioteca se realizó en un paso posterior a partir de cepas crecidas en medio sólido. Las pruebas de sensibilidad antifúngica se realizaron de acuerdo al procedimiento de referencia de EUCAST (European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing) para la totalidad de especies crípticas y un máximo de 5 cepas de las no crípticas.
Resultados: la nueva biblioteca quedó formada por 53 entradas, que representan a 23 especies diferentes (16 crípticas y 7 no crípticas) pertenecientes a 8 secciones. Ciento noventa cepas, cultivadas en medio sólido, fueron identificadas por la nueva biblioteca para su validación. Se obtuvo un 100% de concordancia entre ambos métodos, secuenciación de genes y EM MALDI-TOF. La nueva biblioteca proporcionó una identificación a nivel de especie (score ≥ 2.0) en 165 aislamientos (86.84%) y a nivel de género (1.7≤ score <2.0) en los 25 (13.16%) restantes. La aplicación de rutina de la nueva base de datos se realizó con 200 cepas clínicas de Aspergillus crecidas en medio sólido en una fase prospectiva. Una identificación a nivel de especie se obtuvo en 191 cepas (95.5%) y a nivel de género en las 9 (4.5%) restantes. En las 200 cepas, A. tubingensis fue la única especie críptica identificada.
En nuestro cepario se identificaron 20 especies pertenecientes a 8 secciones diferentes. Aspergillus fumigatus (44.1%) fue la especie más frecuente seguida por A. flavus (18.5%), A. terreus (15.3%) y A. tubingensis (9.8%), con una prevalencia de especies crípticas del 15.3% (58/379). La mayoría de los aislamientos correspondieron con colonizaciones respiratorias.
Respecto a los fármacos antifúngicos testados, la anfotericina B fue el menos activo con los valores más elevados de CMI (hasta 8.0 mg/L en A. lentulus, A. nidulans and A. quadrilineatus); seguido de los azoles, con CMIs para voriconazol y posaconazol de hasta 8.0 mg/L y 4.0 mg/L frente a A. calidoustus, respectivamente. Las equinocandinas fueron los fármacos más activos. Las especies crípticas tuvieron CMIs más altas que las correspondientes especies no crípticas.
Conclusiones: hemos demostrado la utilidad de la nueva base de datos creada en el espectrómetro de masas MALDI-TOF para la identificación de aislamientos clínicos de Aspergillus, incluyendo especies crípticas, a partir de medio sólido como líquido. Realizar identificaciones a nivel de especie dentro del género Aspergillus, así como realizar estudios de sensibilidad antifúngica son necesarios porque, como hemos demostrado, algunas de estas especies son indistinguibles por métodos fenotípicos y además, presentan una sensibilidad reducida a algunos de los fármacos antifúngicos disponibles.
