Resumen de Nucleosome dynamics and analysis in breast cancer cells
La posición de los nucleosomas a escala genómica en la línea celular T47D fue determinada mediante el empleo de digestión enzimática con nucleasa micrococal (MNasa) acoplada a tecnologías de secuenciación de alto rendimiento. Mediante el empleo de una digestión moderada con MNasa, observamos el posicionamiento parcial de un nucleosoma en la región anterior contigua al sitio de inicio de la transcripción, en una región típicamente conocida como "región libre de nucleosomas". Hemos obtenido información a escala genómica sobre los sitios de unión de cinco isoformas de la histona H1 (H1.0, H1.2-H1.5), fusionadas con epítopos de hemaglutinina (HA), en condiciones anteriores o posteriores al tratamiento con progesterona para inducir cambios globales en la cromatina y la expresión génica de la línea celular de cáncer T47D, la cual posee un receptor activo de progesterona. Hemos observado una redundancia general para el conjunto de las histonas testadas, aunque con cierta especificidad en el caso de las histonas H1.2 y H1.3, y un incremento de unión de la histona H1.5 tras el tratamiento con progesterona. Finalmente, hemos demostrado la utilidad del programa informático "bwtool" para el análisis de ficheros a escala genómica basados en señales de datos continuas en el formato bigWig.
