Resumen de Culturable bacteria of the maize rhizosphere: conserving Mexican potential biotechnological resources

Jesús Damián Cordero Ramírez, Alejandro Miguel Figueroa López, Juan Carlos Martínez Álvarez, Melina López Meyer, Claudia Castro Martínez, Juan José Morales Aguilar, Ignacio Eduardo Maldonado Mendoza

• español

  La diversidad de la microbiota asociada a la rizósfera de cultivos en sistemas agrícolas ha sido pobremente estudiada en México y en todo el mundo. El objetivo de este trabajo fue identificar la diversidad de bacterias cultivables en campos de maíz. Se creó una colección de cepas de 11,520 aislados purificados a partir de la rizósfera de maíz. Se procedió a extraer el ADN genómico y secuenciar una región del 16S rADN de cada aislado. Las secuencias fueron analizadas y agrupadas en unidades operacionales taxonómicas (OTU). Esto permitió la agrupación de 7,077 cepas en 185 OTU pertenecientes a 19 géneros dentro de los phyla Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria y Bacteroidetes; siendo Firmicutes el phylum más rico, incluyendo 146 OTU y 6 géneros, con Bacillus como el género con más especies. Se identificó la comunidad núcleo de los suelos conteniendo 28 OTU de Firmicutes y 1 OTU de Proteobacteria. Se discute el papel que juegan las diferentes poblaciones bacterianas identificadas en la rizósfera del maíz, su potencial para ser empleadas con propósitos biotecnológicos y la importancia de la conservación de los recursos microbianos empleando colecciones bacterianas.

• English

  Rhizospheric microbiota diversity of crops in agroecosystems is understudied in Mexico and worldwide. The aim of the present work was to explore the diversity of culturable bacteria in maize fields. A bacterial collection consisting of 11,520 purified isolates was created from the rhizosphere of maize plants. Genomic DNA was obtained from each isolate and a region of 16S rDNA was sequenced. The 16S rDNA amplicon sequences were analyzed and grouped into Operational Taxonomic Units (OTUs), allowing the assemblage of 7,077 bacterial isolates into 185 non-singleton OTUs. OTUs belonged to 19 bacterial genera within Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria and Bacteroidetes Phyla; with Firmicutes as the richest Phylum comprising 146 OTUs and 6 genera, and being Bacillus the richest genus. The soil core-community of 28 OTUs belonging to Firmicutes and 1 OTU from Proteobacteria was identified. The work discusses the role that the different bacterial populations identified within the maize rhizosphere may play, their potential use for biotechnological purposes, and the importance of conservation of microbiological resources using bacterial collections.